ปิยะณัฐ วัชราภรณ์ ประสบอุบัติเหตุรถยนต์เสียหลักชนรถบรรทุกบนถนนมิตรภาพ ระหว่างจังหวัดสระบุรีและนครราชสีมา เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2540[12] ในระหว่างที่เขากำลังจะเดินทางจากจังหวัดศรีสะเกษเพื่อไปเข้าร่วมประชุมคณะรัฐมนตรีในวันรุ่งขึ้น จากอุบัติเหตุในครั้งนั้นส่งผลกระทบต่อสุขภาพของเขา แต่เขายังคงเดินทางไปฏิบัติหน้าที่แม้สภาพร่างกายไม่เอื้ออำนวย แต่ในที่สุดเขาก็ต้องลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรี ในเดือนตุลาคมของปีเดียวกัน คงเหลือแต่หน้าที่สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร

ภายหลังจากนั้นเขายังเล่นการเมืองอยู่อีก 1 สมัย แต่ในที่สุดอุบัติเหตุครั้งนั้นทำให้เขาต้องวางมือทางการเมือง เนื่องจากปัญหาสุขภาพและสายตา ปัจจุบันเขาใช้ชีวิตส่วนตัวอาศัยอยู่ที่จังหวัดศรีสะเกษ