การขยายพันธุ์ของไข่แหนมี 2 แบบ ได้แก่

1. การสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ เนื่องจากไข่แหนเป็นพืชมีดอกขนาดเล็กที่สุด ดอกของไข่แหนจะเจริญเติบโตออกทางช่องข้างบนของต้น ดอกไม่มีกลีบดอก และไม่มีกลีบเลี้ยง ดอกตัวผู้จะมีเกสรตัวผู้ 1 อัน ประกอบด้วยอับละอองเรณู 2 อับ ดอกตัวมีรังไข่ที่มี 1 ช่องและมีไข่อยู่ 1 ใบ ก้านเกสรตัวเมียสั้น ยอดเกสรตัวเมียมีลักษณะแบน เมล็ดมีขนาดเล็ก กลมเกลี้ยง ยังไม่ปรากฏว่ามีไข่แหนมีดอกในประเทศไทย มีแต่รายงานการพบเห็นในประเทศอื่น ไข่แหนจะมีดอกและเมล็ดในราวๆเดือนมิถุนายนถึงตุลาคม
2. การสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ โดยการแตกหน่อ ซึ่งมีผู้ทำการศึกษาการเจริญเติบโตแล้วพบว่า โดยเฉลี่ยแล้ว ไข่แหนแต่ละต้นจะแตกหน่อให้ต้นใหม่ทุก ๆ 5 วัน