ผู้แทนการค้าไทย ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อ 12 มีนาคม พ.ศ. 2545[1] ในสมัยรัฐบาลของพันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร ในระยะแรกได้ดำเนินการขยายการค้าไทย บุกเบิกตลาดใหม่ในภูมิภาคต่างๆ รวมทั้งเสริมสร้างความสัมพันธ์กับประเทศคู่ค้าเจรจา FTA ของไทย นอกจากนี้ได้ดำเนินการขยายความร่วมมือด้านการลงทุนกับประเทศต่างๆ ทั้งในภูมิภาคเอเซีย ตะวันออกกลาง แอฟริกา ยุโรป และอเมริกา

ต่อมาในปี พ.ศ. 2550 ในรัฐบาลของพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ ได้มีการยุบผู้แทนการค้าไทยไป[2][3] จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2552 นายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ นายกรัฐมนตรี ได้จัดตั้งผู้แทนการค้าไทยขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง[4] โดยกำหนดให้มีผู้แทนการค้าไทยจำนวนไม่เกิน 5 คน เพื่อเป็นกลไกในการดำเนินการเสริมสร้างความเป็นเอกภาพ และประสิทธิภาพในการดำเนินตามนโยบายด้านการค้า การลงทุนระหว่างประเทศ และให้มี สำนักงานผู้แทนการค้าไทย เป็นหน่วยงานสนับสนุนการดำเนินงานของผู้แทนการค้าไทย