เมล็ดของฝิ่นหนามประกอบด้วยน้ำมันรับประทานไม่ได้สีเหลืองอ่อน 22-36% เรียก argemone oil หรือ katkar oil ซึ่งประกอบด้วยอัลคาลอยด์ที่เป็นพิษ ได้แก่ sanguinarine และ dihydrosanguinarine นอกจากนั้น ยังพบอัลคาลอยด์ชนิด quaternary isoquinoline alkaloid อีกสี่ชนิดคือ dehydrocorydalmine jatrorrhizine columbamine และ oxyberberine ที่แยกได้จากพืชทั้งต้นของฝิ่นหนาม[2] เมื่อกรีดฝักจะได้ยางสีเหลืองตามรอยแผล ซึ่งมีเบอเบอรีน และ โพรโทพีน