ในอดีตมีการกำหนดให้บุคลากรที่ปฏิบัติหน้าที่ราชการในสถาบันอุดมศึกษา มีสถานะเป็นข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา เมื่อ พ.ศ. 2507[1] ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 คณะรัฐมนตรีได้มีมติให้จัดจ้างพนักงานทดแทนอัตราข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย เพื่อรองรับการออกนอกระบบในปี พ.ศ. 2545 โดยให้ได้รับเงินเดือนเพิ่มที่มากกว่าข้าราชการ โดยมีอัตราในการจ้างพนักงานมหาวิทยาลัย เพิ่มขึ้น 1.7 เท่า สำหรับข้าราชการ สาย ก. และเพิ่มขึ้น 1.5 เท่า สำหรับข้าราชการ สาย ข. และ สาย ค. ตามข้อเสนอของคณะกรรมการกำหนดเป้าหมายและนโยบายกำลังคนภาครัฐ (คปร.) ซึ่งมีนายพิชัย รัตตกุล รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน[2] จึงเป็นจุดเริ่มต้นของการกำหนดอัตราพนักงานมหาวิทยาลัย ทดแทนอัตราข้าราชการ ซึ่งเงิน 1.7 เท่า และ 1.5 เท่า ไม่ใช่เงินเดือนทั้งหมด แต่เป็นเงินที่รัฐบาลจัดสรรเพื่อจ้างพนักงาน 1 อัตรา เมื่อหักเงินกองทุนสำรองเลี้ยงชีพ เงินสวัสดิการ และอื่นๆ ที่เหลือจึงเป็นเงินเดือน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2551 ได้มีการตราพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา ฉบับที่ 2 พ.ศ. 2551 ขึ้น จึงมีการกำหนดเกี่ยวกับพนักงานมหาวิทยาลัย อย่างเป็นทางการ

ปัจจุบันในสถาบันอุดมศึกษาไม่มีการบรรจุและแต่งตั้งข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษาแล้ว โดยสถาบันอุดมศึกษาต่างๆ จะใช้การบรรจุและแต่งตั้งพนักงานมหาวิทยาลัยทดแทนอัตราข้าราชการเดิม ซึ่งพนักงานมหาวิทยาลัย มีสิทธิที่จะได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งทางวิชาการ และตำแหน่งผู้บริหารเช่นเดียวกันกับข้าราชการพลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา[3]