พรทิพย์ โรจนสุนันท์ จบการศึกษาระดับมัธยมศึกษาจากโรงเรียนวัฒนาวิทยาลัย และเข้าศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษา หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล ในระหว่างปี พ.ศ. 2516 - พ.ศ. 2522 และได้รับวุฒิบัตรผู้มีความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม สาขาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล ในปี พ.ศ. 2525 และในปี พ.ศ. 2538 ได้รับอนุมัติเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านนิติเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดลนอกจากนี้แล้วยังได้รับวุฒิบัตรฯจากต่างประเทศ อีกด้วย

• พ.ศ. 2522 แพทยศาสตรบัณฑิต คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
• พ.ศ. 2526 วุฒิบัตรสาขาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
• พ.ศ. 2538 อนุมัติบัตรสาขานิติเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
• พ.ศ. 2541 Forensic Anthropology, Armed Forces Institute of Pathology Washington DC สหรัฐอเมริกา
• พ.ศ. 2542 Forensic Pathology, Armed Forces Institute of Pathology Washington DC สหรัฐอเมริกา
• พ.ศ. 2546 หลักสูตรนักบริหารระดับสูง (นบส.1) รุ่นที่ 3
• พ.ศ. 2548 วิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
• พ.ศ. 2548 แพทยศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยรังสิต
• พ.ศ. 2553 หลักสูตรผู้บริหารกระบวนการยุติธรรมระดับสูง (บ.ย.ส.) รุ่นที่ 15