มุสตาฟา บัรเฆาตีลงสมัครรับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีใน พ.ศ. 2548 โดยไม่มีคู่แข่งจากกลุ่มฮามาส ในขณะที่คู่แข่งจากองค์กรปลดปล่อยปาเลสไตน์คือมะห์มุด อับบาส ผลการเลือกตั้งปรากฏว่าบัรเฆาตีได้คะแนนเสียง 19.48% ส่วนอับบาสได้คะแนนเสียง 62.52%

พรรคการเริ่มต้นชาติปาเลสไตน์ยังคงดำเนินการต่อไปภายใต้กลุ่มปาเลสไตน์เอกราช ในการเลือกตั้งสภานิติบัญญัติของปาเลสไตน์ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2549 กลุ่มปาเลสไตน์เอกราชได้คะแนนเสียง 2.7% ได้ 2 ที่นั่ง หนึ่งในนั้นเป็นของบัรเฆาตี[1]

ในการเลือกตั้งระดับท้องถิ่นช่วงแรกในเดือนมกราคม พ.ศ. 2548 พรรคการเริ่มต้นชาติปาเลสไตน์ได้รับชัยชนะ ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2548 ได้เสียงส่วนใหญ่อยางน้อย 6 เขต โดยคะแนนเสียง 10% เป็นของคู่แข่งอย่างกลุ่มฟาตะห์หรือฮามาส ในช่วงที่สามของการเลือกตั้งในเวสต์แบงก์เมื่อ 29 กันยายน พ.ศ. 2548 พรรคการเริ่มต้นชาติปาเลสไตน์ชนะการเลือกตั้งใน 18 จาก 104 เขต และได้ควบคุมการบริหาร 16 จาก 18 เขต