ในปลายเดือนเมษายน พ.ศ. 2554 ได้มีความขัดแย้งระหว่างทางกลุ่มพันธมิตรฯซึ่งเป็นผู้ก่อตั้งพรรคกับทางสมาชิกและกรรมการบริหารพรรคเกิดขึ้น ถึงเรื่องการส่งผู้สมัครลงรับเลือกตั้งในการเลือกตั้งกลางปีเดียวกัน ซึ่งทางกลุ่มพันธมิตรฯมีมติให้โหวตโนในการเลือกตั้งครั้งนี้ คือ ให้กาช่องไม่ประสงค์ลงคะแนนให้ใครในบัตรลงคะแนน เรื่องนี้ก่อให้เกิดความขัดแย้งระหว่างกลุ่มพันธมิตรฯกับสมาชิกและกรรมการบริหารพรรค ต่อมา นายสมศักดิ์ หัวหน้าพรรค และนายสาวิทย์ แก้วหวาน ได้ทำตามมติของสมาพันธ์แรงงานรัฐวิสาหกิจสัมพันธ์ (สรส.) ให้ถอนตัวจากการเป็นแกนนำของพันธมิตรฯ[18] และนายพิเชฐ พัฒนโชติ รองหัวหน้าพรรคก็ได้ลาออกจากพรรคเช่นเดียวกัน[5] ต่อมาทางพรรคได้จัดการประชุมกรรมการบริหารพรรค ได้มีกลุ่มผู้ชุมนุมของพันธมิตรฯได้บุกเข้าไปถึงที่ทำการพรรคเพื่อกดดันมิให้พรรคมีมติส่งผู้สมัครลงรับเลือกตั้ง จนเกือบเป็นการปะทะกัน [19][20] ซึ่งต่อมาในเรื่องนี้ทำให้ นายสนธิ ลิ้มทองกุล อดีตหัวหน้าพรรคและแกนนำพันธมิตรฯรุ่นที่ 1 ได้โจมตีนายสมศักดิ์อย่างรุนแรง[21] และได้ประกาศให้สมาชิกพรรคยึดพรรคคืนกลับ ซึ่งทางนายสมศักดิ์ก็ได้โต้กลับมาเช่นเดียวกัน[22] ต่อมาทางกลุ่มพันธมิตรฯได้มีการลงรายชื่อเพื่อถอดถอนนายสมศักดิ์ออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรค แต่ทางนายสมศักดิ์ได้ยืนยันว่าจะส่งผู้สมัครลงรับเลือกตั้ง[23] พร้อมกับได้มีการโต้กันไปโต้กันมาถึงเรื่องเงินบริจาคด้วย[24]

การเลือกตั้ง พ.ศ. 2554

ในการเลือกตั้งครั้งนี้ คณะกรรมการบริหารพรรค คณะกรรมการสาขาพรรค และคณะกรรมการศูนย์ประสานงานพรรคการเมืองใหม่ทั่วประเทศ ได้ประชุมร่วมกันเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2554 มีมติเอกฉันท์ให้พรรคการเมืองใหม่ส่งผู้สมัครเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ต่อมา คณะกรรมการบริหารพรรคการเมืองใหม่ส่วนหนึ่ง ประกอบด้วย

1) นายสุริยะใส กตะศิลา เลขาธิการพรรค

2) นายสำราญ รอดเพชร โฆษกพรรค

3) พ.อ.(พิเศษ) ไพโรจน์ นิยมพันธ์ กรรมการบริหาร

4) นายบรรจง นะแส กรรมการบริหาร

5) นายอัศวชร์ อภัยวงศ์ กรรมการบริหาร

6) นายพิชิต ไชยมงคล กรรมการบริหาร

7) นายทศพล แก้วทิมา กรรมการบริหาร

8) นายรังษี ศุภชัยสาคร กรรมการบริหาร

9) นางสาวนิตยา กุระคาน กรรมการบริหาร

10) นายณัฐดิษฐ์ นันท์วิมลวุฒิ กรรมการบริหาร

ได้ยื่นหนังสือต่อนายทะเบียนพรรคการเมืองขอให้ระงับการรับสมัครผู้สมัครรับเลือกตั้งของพรรคการเมืองใหม่ อันเกิดจากหัวหน้าพรรคฝ่าฝืนนโยบายพรรค ข้อบังคับพรรค และมติที่ประชุมใหญ่และกล่าวหาว่านายสมศักดิ์ โกศัยสุข หัวหน้าพรรคการเมืองใหม่ กระทำการเข้าข่ายฝ่าฝืนพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง พ.ศ. 2550 มาตรา 31 และคณะกรรมการบริหารพรรคการเมืองใหม่ทั้ง 10 ราย ยังเข้าร่วมรณรงค์ให้ประชาชนโหวตโนผ่านสื่อมวลชนต่าง ๆ ซึ่งการกระทำดังกล่าว เป็นการฝ่าฝืนวินัย และจรรยาบรรณของสมาชิกพรรค และกรรมการสาขาพรรค (ข้อ 17) ตามข้อบังคับของพรรคการเมืองใหม่ พ.ศ. 2552 จึงไม่มีสิทธิ์ ไปแถลงในนามของพรรค และยังเป็นการฝ่าฝืน มาตรา 17 แห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง พ.ศ. 2550 อีกทั้ง ต่อมาสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้ง ได้มีหนังสือที่ ลต (ทบพ.) 0401/8737 ลงวันที่ 28 มิถุนายน 2554 ชี้ขาดว่าพรรคการเมืองใหม่สามารถส่งผู้สมัครรับเลือกตั้งได้โดยถูกต้องตามกฎหมายทุกประการ