งานวิจัยและพัฒนาของศาสตราจารย์ เภสัชกร ดร.พรศักดิ์ ศรีอมรศักดิ์ เกี่ยวข้องกับการออกแบบรูปแบบยาหรือระบบนำส่งยาแบบใหม่โดยใช้เทคโนโลยีทางเภสัชกรรม โดยเน้นการพัฒนาสารพอลิเมอร์จากธรรมชาติ (เช่น เพกตินจากเปลือกส้มหรือกากผลไม้ อัลจิเนตจากสาหร่ายทะเล หรือ ไคโตแซนจากเปลือกกุ้งหรือกระดองปู เป็นต้น) มาใช้เป็นวัตถุดิบในการผลิต เพื่อเป็นการสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับของเหลือทิ้งจากอุตสาหกรรมเกษตร ผลงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการออกแบบระบบนำส่งยาและพัฒนาเทคโนโลยีการผลิตยาที่ได้ทำการศึกษาวิจัย เช่น

• การออกแบบยาเม็ดโดยใช้เพคตินเป็นสารก่อเจล เพื่อชะลอการปลดปล่อยตัวยาที่ให้โดยการรับประทาน เนื่องจากเพกตินมีสมบัติในการดูดน้ำและพองตัวเกิดเป็นชั้นเจลรอบเม็ดยาได้ ซึ่งยาเม็ดที่ออกแบบสามารถเตรียมได้ง่ายโดยใช้เครื่องมือที่มีอยู่เดิม ไม่จำเป็นต้องใช้เครื่องมือราคาแพง และใช้เทคโนโลยีการผลิตที่ไม่ซับซ้อน
• การพัฒนาระบบยาเม็ดเคลือบฟิล์มชนิดคอมพอสิตระหว่างเพกตินกับพอลิเมอร์สังเคราะห์ที่ไม่ละลายน้ำ เพื่อใช้ในการควบคุมการปลดปล่อยยาจากระบบนำส่งยาแบบนำวิถีไปยังอวัยวะเป้าหมาย (site-specific drug delivery system) ที่ลำไส้ใหญ่
• การพัฒนาเทคโนโลยีการเคลือบฟิล์มยาเม็ดโดยอาศัยหลักการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีที่ผิวประจันของเม็ดยากับเพกตินเกิดเป็นสารประกอบเชิงซ้อน เพื่อใช้ในการควบคุมการปลดปล่อยตัวยาออกจากเม็ดยา ซึ่งวิธีการนี้ช่วยลดการใช้ตัวทำละลายอินทรีย์ในการเคลือบ และไม่ต้องใช้อุณหภูมิสูงในการทำให้แห้ง
• การออกแบบระบบเจลบีดเพื่อเก็บกักยาหรือยาโปรตีนสำหรับใช้ในการนำส่งยาที่ให้โดยการรับประทาน โดยอาศัยหลักการเกิดเจลระหว่างประจุ (ionotropic gelation) ซึ่งทำได้ง่าย ไม่ซับซ้อน ไม่ต้องใช้เครื่องมือที่มีราคาแพง ไม่ต้องใช้ความร้อนหรือแรงปั่นความเร็วสูง จึงไม่ทำให้โครงสร้างของยาโปรตีนเสียสภาพไป
• การพัฒนาเทคโนโลยีการควบคุมการปลดปล่อยยาจากระบบนำส่งยาชนิดลอยตัวได้ในกระเพาะอาหารเพื่อให้ระบบคงอยู่ในทางเดินอาหารนานขึ้น เพื่อใช้สำหรับยาที่ต้องการให้ออกฤทธิ์เฉพาะที่ในกระเพาะอาหาร ยาที่มีปัญหาการดูดซึม หรือยาที่มีปัญหาเรื่องความคงตัว
• การศึกษากลไกการยึดเกาะเยื่อเมือกในทางเดินอาหารและการพัฒนาระบบนำส่งยาชนิดยึดเกาะเยื่อเมือก เพื่อช่วยเพิ่มระยะเวลาคงอยู่ในบริเวณที่ต้องการหรือบริเวณที่ดูดซึมยา และการเกาะติดที่ชั้นเยื่อเมือกที่ปกคลุมเยื่อบุผิวทำให้ระยะทางที่ยาต้องแพร่ผ่านเข้าสู่กระแสเลือดสั้นลงทำให้มีการดูดซึมได้ดีขึ้น
• การพัฒนารูปแบบยาและการตั้งตำรับเพื่อแก้ปัญหายาที่มีปัญหาการละลาย/การดูดซึมในทางเดินอาหาร
• การพัฒนาระบบนำส่งยาชนิดมุ่งเป้าสำหรับการรักษาโรคมะเร็งลำไส้ใหญ่
• เทคนิคการพิมพ์สามมิติ (3D printing) สำหรับการออกแบบรูปแบบยาสำหรับผู้ป่วยเฉพาะราย

นอกจากนั้น ได้ทำการวิจัยด้านการผลิตเพกตินจากเปลือกส้มโอซึ่งเป็นของเหลือทิ้งจากผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรในท้องถิ่นและนำมาประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมผลิตยาและพัฒนาเป็นระบบนำส่งยารูปแบบใหม่ๆ รวมถึงการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมอาหาร และการใช้ประโยชน์เชิงสุขภาพ

งานวิจัยในกลุ่มวิจัยพอลิเมอร์ธรรมชาติสำหรับอุตสาหกรรมยา (PBiG) เน้นการใช้ประโยชน์จากพอลิเมอร์ธรรมชาติ เช่น เพกติน (pectin), ไคโตแซน (chitosan), อัลจิเนต (alginate), เชลแล็ก (shellac) เป็นต้น

ผลงานวิจัย

• ผลงานวิจัยตีพิมพ์ในวารสารวิชาการระดับนานาชาติมากกว่า 180 เรื่อง
• บทคัดย่อและรายงานวิจัยตีพิมพ์ในเอกสารการประชุมวิชาการในและต่างประเทศมากกว่า 340 เรื่อง 
• บทความวิชาการมากกว่า 22 เรื่อง 
• หนังสือและบทในหนังสือมากกว่า 17 เล่ม/บท
• คำขอรับสิทธิบัตร/อนุสิทธิบัตร 9 เรื่อง
• การถูกอ้างอิง (citation) ในฐานข้อมูล Scopus มากกว่า 4,500 ครั้ง และในฐานข้อมูล Google Scholar มากกว่า 6,700 ครั้ง
• บรรณาธิการ/กองบรรณาธิการของวารสารวิชาการต่างประเทศหลายฉบับ