พระครูนิยุตต์ธรรมกิจ (เสียน สธัมโม) เริ่มอาพาธด้วยโรคชรา เนื่องด้วยทำงานเพื่อหวังพัฒนาวัดอยู่ตลอดเวลา ทำให้ไม่มีเวลาพักผ่อน โดยมีพี่น้องของท่าน ได้แวะเวียนมาอุปัฏฐาก และเข้ารับการตรวจรักษาอาการอย่างต่อเนื่อง โดยมีคณะศิษยานุศิษย์พาตัวไปรักษา แต่ด้วยการกรำงานอย่างหนัก จึงทำให้มรณภาพ ด้วยอาการสงบที่ กุฏิอินทังกุโร ซึ่งเป็นกุฏิที่พำนักของท่านตั้งแต่ขึ้นรับตำแหน่งเข้าอาวาส เมื่อวันที่ 26 มกราคม พ.ศ. 2563 รวมอายุ 88 ปี พรรษา 64 [3]