ต่อมาปี พ.ศ. 2435 ท่านได้ธุดงธ์เข้าเขตชัยนาทมาจำพรรษาอยู่ที่ วัดปากคลองมะขามเฒ่าซึ่งเป็นบ้านเกิดของท่าน ท่านได้บูรณะซ่อมแซมเสนาสนะที่ชำรุดทรุดโทรมขึ้นมาใหม่ ชาวบ้านต่างพากันเลื่อมใสศรัทธาในวัตรปฏิบัติและพระเวทวิทยาคมของท่าน ท่านได้มีศิษย์เอกเป็นถึงเชื้อพระวงศ์ คือ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ท่านได้ถ่ายทอดวิชาอาคมต่างๆ ให้กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์จนหมด รวมถึงมีตำนานเกี่ยวกับกรมหลวงชุมพรเขตรอุดมศักดิ์ที่ได้นำผ้าเจียดจากหลวงปู่ศุขไปแจกให้แก่ทหารเรือ เพื่อทำการทดลองอาคม โดยมี ยัง หาญทะเล ซึ่งเป็นทหารคนสำคัญ เป็นผู้รับอาสาทดลอง[4]