ในช่วงท้ายของชีวิตหลวงพ่อได้อาพาธเป็นไข้หวัดใหญ่ และปอดบวม มีโรคแทรกซ้อน เมื่อวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2532 ลูกศิษย์ได้ส่งหลวงพ่อคง ไปรักษาที่โรงพยาบาลตากสิน จันทบุรี จนพอทุเลา ท่านก็ได้ขอกลับมาที่วัดวังสรรรส และต่อมาอีกไม่กี่วันท่านก็ได้จากพวกเราไปอย่างสงบ ณ วัดวังสรรพรส ในวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2532 เวลา 10.15 น. รวมสิริอายุได้ 87 ปี 5 วัน นับพรรษาที่ 55