พระตำหนักดอยตุงเริ่มดำเนินการก่อสร้างเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2530 เมื่อสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนีมีพระชนมายุ 88 พรรษา โดยก่อนหน้านั้นมีพระราชกระแสว่า หลังพระชนมายุ 90 พรรษา จะไม่เสด็จไปประทับที่ ประเทศสวิตเซอร์แลนด์ สำนักงานราชเลขานุการในพระองค์ จึงได้เลือกดอยตุง ซึ่งมีทิวทัศน์สวยงาม ขณะเดียว กันสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี เมื่อทอดพระเนตรพื้นที่ เมื่อต้นปี พ.ศ. 2530 ก็ทรงพอพระราชหฤทัย และมีพระราชดำริจะสร้างบ้านที่ดอยตุงพร้อมกันนี้ ยังมีพระราชกระแสรับสั่งว่าจะ ปลูกป่าบนดอยสูงจึงกำเนิดเป็น โครงการพัฒนาดอยตุงขึ้น โครงการพัฒนาดอยตุงเริ่มดำเนินการโดยความร่วมมือจากหน่วยราชการทุกส่วน เช่น กรมป่าไม้ กรมชลประทาน หน่วยงานด้านปกครอง นอกจากทำการปลูกป่าฟื้นฟูสภาพพื้นที่แล้วยังมีการฝึกอาชีพ เพื่อ ยกระดับคุณภาพชีวิตของชาวเขาบนดอยตุง ซึ่งประกอบด้วยชาวเขาเผ่าอาข่าลาหู่ ไทยใหญ่ และจีนฮ่อ ขณะเดียว กันยังคงรักษาขนบธรรมเนียมประเพณีของตนไว้