พระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ แบ่งออกเป็น 3 เขตพระราชฐาน ประกอบด้วย เขตพระราชฐานชั้นนอก เขตพระราชฐานชั้นใน และเขตพระราชฐานที่ประทับ โดยเขตพระราชฐานที่ประทับ ประกอบด้วย พระตำหนักตันหยงและศาลาบุหลัน ซึ่งเป็นศาลาเอนกประสงค์สำหรับประกอบพระราชพิธีและฝึกงานศิลปาชีพ พื้นที่ส่วนล่างเป็นที่พักข้าราชบริพาร หน่วยแพทย์ สถานที่ฝึกสอนศิลปาชีพ โดยมีนามคล้องจองกันว่า

• ศาลาบุหรงสวนสรรค์
• ศาลาอนจำนันต์
• ศาลาปาหนันแดนดง

และถัดไป เป็นตำหนักทำงานของกองราชเลขาฯ ในพระองค์ ตึกราชองครักษ์ เรือนข้าหลวง ห้องเครื่อง และเรือนรับรอง โดยทั้งหมดอยู่ในพื้นที่ประมาณ 542 ไร่ รวมถึงมีพื้นที่ป่าอีกประมาณ 1,875 ไร่ ที่จะต้องดูแลรักษา ป้องกันการตัดไม้ทำลายป่า การยิงและจับสัตว์บนเขาตันหยง โดยพื้นที่ส่วนนี้นับเป็นเขตพระราชฐานอีกส่วนหนึ่งด้วย

นอกจากนี้ บนเขาตันหยง ยังมีสำนักสงฆ์ของพระตำหนัก สำหรับเป็นที่พัก ของพระราชาคณะ หรือพระเถระชั้นผู้ใหญ่ ที่ตามเสด็จฯ อย่างเป็นสัดส่วนสำหรับภูมิทัศน์ และภูมิสถาปัตย์ของ พระราชฐานต่างจังหวัด แต่ละพระราชฐาน จะมีแบบการจัดสวน ในราชอุทยานแตกต่างกัน เช่น ราชอุทยาน ในเขตพระราชฐานพระตำหนัก ทักษิณราชนิเวศน์ จะจัดสวนแบบสวนหิน ส่วนใหญ่เป็นประเภทใบไม้ สาเหตุเพราะอยู่ใต้ร่มเงา ของต้นไม้ มีแสงแดด ไม่เพียงพอที่จะปลูกไม้ดอก ให้เจริญงอกงามได้

ต้นไม้พื้นเมืองที่เป็นเอกลักษณ์ ของ พระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ ได้แก่ ปาล์มบังสูรย์ รักนา และดาหลา และบริเวณราชอุทยาน ในเขตพระราชฐานที่ประทับ มีคอกเลี้ยงกวางป่า และมีกรงเลี้ยงนก ซึ่งส่วนใหญ่ เป็นนกหายากที่ใกล้ จะสูญพันธุ์ โดยพระองค์มีพระราชดำริ ให้ขยายพันธุ์นกขมิ้น ซึ่งเป็นนกพื้นเมืองที่หายาก เพื่อให้มีจำนวนมาก พอที่จะปล่อยเข้าป่าต่อไป