หลังจากได้ย้ายพระตำหนักแดงมาปลูกไว้บริเวณด้านหลังของหมู่พระวิมานแล้ว เมื่อเวลาผ่านไปพระตำหนักแดงอยู่ในสภาพที่ชำรุดทรุดโทรมอย่างมาก สมเด็จพระศรีสวรินทิราบรมราชเทวี พระพันวัสสาอัยยิกาเจ้าจึงได้พระราชทานทรัพย์ส่วนพระองค์เพื่อปฏิสังขรณ์ตำหนักให้คืนสู่สภาพดังเดิม หลังจากนั้นกรมศิลปากรได้ทำการย้ายตำหนักแดงจากที่ตั้งเดิมมาตั้งอยู่บริเวณหลังพระที่นั่งศิวโมกข์พิมาน ปัจจุบันพระตำหนักแดงเป็นส่วนหนึ่งของพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนครใช้จัดแสดงสิ่งของส่วนพระองค์ของสมเด็จพระศรีสุริเยนทราบรมราชินี และสิ่งของเครื่องใช้ในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์