วันอาทิตย์ เดือนเจ็ด ขึ้นหนึ่งค่ำ ปีระกา เอกศก จุลศักราช 1151 (พ.ศ. 2332) มีฟ้าผ่าต้องหน้ามุขเด็จพระที่นั่งอมรินทราภิเษกมหาปราสาทแล้วเกิดเป็นเพลิงลุกลามไหม้เครื่องบนและหลังคา แล้วเลยลุกลามไหม้ทั้งองค์พระมหาปราสาท และพระปรัศว์ซ้ายลงหมดสิ้น พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าพระยารัตนาพิพิธ (สน) สมุหนายก เป็นแม่กองรื้อซากพระมหาปราสาทที่ถูกไฟไหม้ออกแล้วสร้างพระมหาปราสาทขึ้นใหม่ แต่ไม่ได้สร้างเหมือนองค์เดิม

ในพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 1 กล่าวถึงลักษณะที่ผิดแผกแตกต่างระหว่างพระมหาปราสาทองค์เก่าและองค์ใหม่ไว้ดังนี้

...ปราสาทองค์ก่อนนั้นสูงใหญ่เท่าพระที่นั่งสรรเพชญมหาปราสาท กรุงเก่า มุขหน้ามุขหลังนั้นยาวกว่ามุขข้าง และมุขเบื้องหลังนั้นอยู่ที่ข้างใน ยาวไปจดถึงพระปรัศว์ซ้ายพระปรัศว์ขวา พระมหาปราสาทใหม่นี้ ยกออกมาตั้ง ณ ที่ข้างหน้าทั้งสิ้น มุขทั้ง 4 นั้นก็เสมอกันทั้ง 4 ทิศ ใหญ่สูงเท่าพระที่นั่งสุริยาสน์อมรินทร์ กรุงเก่ายกปะราลีเสียมิได้มีเหมือนองค์ก่อน แต่มุขเด็จยอดทั้ง 4 มุมนั้นยกทวยเสีย ใช้รูปครุฑเข้าแทนแล้วให้ฐาปนาพระที่นั่งขึ้นใหม่ข้างใน ต่อมุขหลังเข้าไปอีกหลัง 1 พอเสมอด้วยมุขปราสาทองค์เก่า พระราชทานนามว่า พระที่นั่งพิมานรัตยา แล้วทำพระปรัศว์ซ้ายขึ้นใหม่คงตามเดิม หลังคาปราสาทและมุข กับทั้งพระที่นั่งพิมานรัตยา พระปรัศว์ ดาดด้วยดีบุกเหมือนอย่างเก่าทั้งสิ้น ครั้นการพระมหาปราสาทลงรักปิดทองเสร็จแล้ว จึงพระราชทานนามปราสาทองค์ใหม่ว่า "พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท"..."— พระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 1