พระธรรมไตรโลกาจารย์ (ยอด อกฺกวํโส) ท่านเริ่มอาพาธตั้งแต่ วันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2487 ด้วยโรคบิดรากสาด เมื่อหายก็กลายเป็นโรคไตพิการ จนเมื่อวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2489 เวลา 17.35 น. ณ วัดเขาแก้ว รวมอายุได้ 62 ปี พรรษา 42 ได้รับพระราชทานโกศโถบรรจุศพ พร้อมด้วยเครื่องประกอยเกียรติยศ ประดิษฐานศพ ณ ตึกรัตนคีรีวิทยากร และได้รับพระราชทานเพลิงศพ ณ วัดเขาแก้ว เมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2490[6]