ตำนานที่เกี่ยวข้องกับเจดีย์กล่าวว่า ฤๅษีติสสะได้รับพระเกศาจากพระพุทธเจ้า และมัดซ่อนไว้ในจุกผมเพื่อความปลอดภัยในการเดินทางกลับเพื่อถวายกษัตริย์ ด้วยความปรารถนาที่จะประดิษฐานพระเกศาไว้ในก้อนหินที่มีรูปร่างเหมือนศีรษะของฤๅษี กษัตริย์มีพระมารดาเป็นธิดาของพญานาค พบหินที่ด้านล่างของทะเล และได้รับความช่วยเหลือจากพระอินทร์ ในการหาสถานที่วางหินเพื่อสร้างพระเจดีย์ เรือที่ใช้ในการขนส่งก้อนหินกลายเป็นหิน และเป็นที่เคารพบูชาโดยผู้จาริกแสวงบุญ โดยอยู่ห่างจากพระธาตุไจที่โย่ประมาณ 300 เมตร (980 ฟุต) รู้จักกันในชื่อ พระเจดีย์เจาะตานบาน (Kyaukthanban Pagoda) แปลว่า "พระเจดีย์เรือหิน"[1][6][7]

ตำนานอีกตำนานกล่าวว่า ในสมัยพุทธกาล ฤๅษีติสสะเป็นผู้หนึ่งที่ได้รับพระเกศาจากพระพุทธเจ้า เมื่อครั้นได้มาแสดงธรรมเทศนา ณ ดินแดนสุวรรณภูมิ ผู้ที่ได้รับมอบพระเกศาต่างก็นำไปบรรจุในสถูปเจดีย์ ส่วนฤๅษีติสสะกลับนำไปซ่อนไว้ในมวยผม เมื่อเวลาล่วงเลยถึงคราวที่ฤๅษีติสสะจะต้องละสังขารเต็มที เขาตั้งใจไว้ว่าจะนำพระเกศาไปบรรจุไว้ในก้อนหินที่มีรูปร่างคล้ายกับศีรษะของเขา พระอินทร์จึงช่วยเสาะหาก้อนหินดังกล่าวจากใต้ท้องมหาสมุทรและนำมาวางไว้บนภูเขาหิน บางตำนานก็เล่าว่า มีฤๅษีองค์หนึ่งซ่อนพระเกศาที่ได้รับมาจากพระพุทธเจ้าเมื่อครั้นมาโปรดสัตว์ในถ้ำไว้ในมวยผมมาเป็นเวลานาน เมื่อใกล้ถึงวาระที่จะต้องละสังขารจึงตัดสินใจมอบพระเกศาให้กับพระเจ้าติสสะ กษัตริย์ผู้ครองนครแห่งหนึ่ง ซึ่งเป็นบุตรของลูกศิษย์ที่นำมาฝากให้ฤๅษีช่วยเลี้ยงดูตั้งแต่เล็ก แต่ก่อนอื่นพระเจ้าติสสะต้องหาก้อนหินที่มีลักษณะคล้ายศีรษะของฤๅษี โดยมีพระอินทร์เป็นผู้ช่วยค้นหาจากใต้สมุทรนำมาวางไว้ที่หน้าผา[8][9]

ในความเชื่อ ผู้จาริกแสวงบุญโดยการเดินป่าจากฐานค่ายกีนมู่นมายังพระธาตุ สามครั้งติดต่อกันในหนึ่งปีจะมีความมั่งคั่งและได้รับคำสรรเสริญ[10]