พระนิชิเร็งเกิดในวันที่ 16 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1222 (พ.ศ. 1765) หรือปีที 1 แห่งสมัยโจโอ ในยามรุ่งอรุณ เป็นบุตรชาวประมง หมู่บ้านโตโจ ตำบลนางาสะ เมืองอาวะ (ปัจจุบันคือจังหวัดชิบะ) ประเทศญี่ปุ่น นามในวัยเด็กคือเซ็นนิชิ มาโร โยมบิดาชื่อมิคุนิ โนะ ไทฝุ ชิเงะทาดะ โยมมารดาชื่ออุเมะงิขุ

พระนิชิเร็งออกจากบ้านเพื่อศึกษาเล่าเรียน ณ วัดเซอิโซจิเมื่ออายุได้ 12 ปี หลังรับการศึกษาขั้นพื้นฐานแล้วจึงบรรพชาเป็นภิกษุเมื่ออายุ 16 ปี และเปลี่ยนชื่อเป็นเซโชโบะ เร็นโช โดยมีพระอาจารย์นามโดเซ็นโบะคอยดูแลสั่งสอน และเพื่อหวังให้การศึกษาคำสอนศาสนาพุทธลึกซึ้งมากยิ่งขึ้นท่านจึงเริ่มไปเยือนวัดและนิกายต่าง ๆ ในเมืองคามาคูระ เกียวโต นาราและภูเขาฮิเออิ