อนึ่งในวันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2557 กรมศิลปากรได้ทำการขุดสำรวจบริเวณที่ดินเอกชนผืนหนึ่งตรงข้ามวัดสันเปาโล และพบโครงกระดูกมนุษย์สองโครงห่างกัน 5 เมตร โดยโครงกระดูกโครงแรกมีรูปพรรณเตี้ย สูงเพียง 140 เซนติเมตร สวมแหวนหินที่นิ้วมือ กระดูกหน้าแข้งหัก และไม่มีศีรษะ จารึก วิไลแก้ว ผู้อำนวยการสำนักศิลปากรที่ 4 ลพบุรี จึงสันนิษฐานว่าอาจจะเป็นโครงกระดูกของพระปีย์ ส่วนอีกโครงหนึ่งมีรูปกายสูงใหญ่ สันนิษฐานว่าอาจเป็นเจ้าพระยาวิชเยนทร์ (คอนสแตนติน ฟอลคอน) และสันนิษฐานว่าอาจมีผู้นำศพของทั้งสองมาฝังตามธรรมเนียมคริสต์ศาสนา ณ บริเวณดังกล่าว[27] ต่อมาวันที่ 1 เมษายน 2561 เจตน์กมล วงศ์ท้าว นักโบราณคดีชำนาญการประจำสำนักศิลปากรที่ 4 ลพบุรี ได้อธิบายว่าโครงกระดูกที่พบไม่ใช่ทั้งพระปีย์และเจ้าพระยาวิชเยนทร์ แต่เป็นโครงกระดูกมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ ส่วนหัวกะโหลกที่หายไปนั้นเข้าใจว่าน่าจะเกิดขึ้นจากการรบกวนชั้นดินเมื่อครั้งสร้างโบสถ์วัดสันเปาโลเพราะบริเวณดังกล่าวถูกทับด้วยโครงสร้างโบสถ์[28]