หลังจากสอบได้เปรียญธรรม 9 ประโยค แล้ว พระพรหมวชิรปัญญาจารย์ได้ปฏิบัติงานด้านการศาสนาในตำแหน่งต่างๆ มาเป็นลำดับ นอกจากตำแหน่งรองเจ้าอาวาสวัดราชโอรสารามดังกล่าวแล้วก็ได้เป็นเจ้าคณะภาค 16 เป็นกรรมการมหาเถรสมาคม เป็นเจ้าอาวาสวัดราชโอรสาราม เจ้าสำนักเรียนวัดราชโอรสาราม เป็นหัวหน้าพระธรรมทูตสายที่ 8 เป็นผู้อำนวยการฝึกอบรมพระนักเทศน์ในเขตปกครองคณะสงฆ์หนกลางและหนใต้ นอกจากนี้ ยังเป็นผู้อุปถัมภ์สร้างวัดพุทธวิหาร กรุงเบอร์ลิน และวัดธรรมวิหาร เมืองฮันโนเฟอร์ ประเทศเยอรมนีอีกด้วย

วันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2539 ได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นราชบัณฑิตในประเภทวรรณศิลป์ สาขาวิชาตันติภาษา[1]