ด้านครอบครัว พระยาพิจารณาปฤชามาตย์ มานวธรรมศาสตร์สุปรีชา สมรสกับคุณอบ ปันยารชุน คุณหญิงบุนนาค ยุกตะนันท์ คุณจำรัส ภัทรนาวิก และ คุณหญิงจำเริญ พิจารณาปฤชามาตย์ (จำเริญ ภัทรนาวิก วัชราภัย) มีบุตรธิดา 14 คน ดังนี้[4]

อบ ปันยารชุน

พระยาพิจารณาปฤชามาตย์ มีบุตร-ธิดากับคุณอบ ปันยารชุน 2 คน ดังนี้

• นางถนอม (วัชราภัย) จารุรัตน์ สมรสกับ นายขวัญ จารุรัตน์
• คุณหญิงเพิ่ม ดำรงแพทยาคุณ (เพิ่ม วัชราภัย พุทธิแพทย์) สมรสกับ ศาสตราจารย์อุปการคุณ พลตรี พระยาดำรงแพทยาคุณ (ชื่น พุทธิแพทย์) คณบดีคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ แพทย์ประจำพระองค์พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว

คุณหญิงบุนนาค ยุกตะนันท์

พระยาพิจารณาปฤชามาตย์ มีธิดากับคุณหญิงบุนนาค ยุกตะนันท์ 1 คน ดังนี้

• หม่อมระรวย (วัชราภัย) เกษมสันต์ ณ อยุธยา เสกสมรสกับ หม่อมเจ้าสมบูรณ์ศักดิ์ เกษมสันต์ พระโอรสในพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าเกษมสันต์โสภาคย์ กรมหลวงพรหมวรานุรักษ์

จำรัส ภัทรนาวิก

พระยาพิจารณาปฤชามาตย์ มีธิดากับคุณจำรัส ภัทรนาวิก 2 คน ดังนี้

• นางสารนัยประสาสน์ (เกษม วัชราภัย ณ สงขลา) สมรสกับ หลวงสารนัยประสาสน์ (ธัญญา ณ สงขลา) อดีตผู้พิพากษาหัวหน้าคณะในศาลฎีกา และผู้ทรงคุณวุฒิด้านกฎหมายที่ดิน มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ บุตรพระยาปทุมเทพภักดี (ธน) เจ้าเมืองตราด อุบลราชธานี และสุรินทร์
• นายกระแสร์ วัชราภัย สมรสกับ นางปฏดา ปันยารชุน ธิดาพระยาปรีชานุสาสน์ (เสริญ ปันยารชุน) ผู้บังคับการวชิราวุธวิทยาลัย ปลัดทูลฉลองกระทรวงศึกษาธิการ นายกสมาคมหนังสือพิมพ์แห่งประเทศไทย

คุณหญิงพิจารณาปฤชามาตย์ (จำเริญ ภัทรนาวิก)

พระยาพิจารณาปฤชามาตย์ มีบุตร-ธิดากับคุณหญิงพิจารณาปฤชามาตย์ น้องสาวคุณจำรัส ภัทรนาวิก 9 คน ดังนี้

• นายประพันธ์ วัชราภัย สมรสกับ นางเล็ก
• คุณหญิงประไพ ตีรณสารวิศวกรรม (ประไพ ตีรณสาร) สมรสกับ พระตีรณสารวิศวกรรม (ตรี ตีรณสาร) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ
• ท่านผู้หญิงศรีธรรมาธิเบศ (ประภา ณ สงขลา) สมรสกับ เจ้าพระยาศรีธรรมาธิเบศ (จิตร ณ สงขลา) ประธานองคมนตรี บุตรพระอนันตสมบัติ (เอม ณ สงขลา)
• นายประพัทธ์ วัชราภัย สมรสกับ นางกิรดี เปาโรหิตย์
• นางสาวประพิศ วัชราภัย
• นายประภาส วัชราภัย
• นายประพจน์ วัชราภัย สมรสกับ นางมณี ไกรฤกษ์
• นายประพนธ์ วัชราภัย
• นายประพงศ์ วัชราภัย สมรสกับ นางฉวีวรรณ เลปาจารย์