เมื่อพระเพทราชากุมอำนาจการสำเร็จราชการแผ่นดินแล้ว ก็จับกุมพระยาวิชเยนทร์และผู้ติดตามรวมถึงราชนิกุลองค์ต่าง ๆ และนำไปประหารชีวิตในวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2231 ในวัยเพียง 40 ปี เมื่อสมเด็จพระนารายณ์มหาราชทรงทราบถึงเหตุดังกล่าว พระองค์กริ้วมาก แต่ไม่มีพระวรกายแข็งแรงเพียงพอที่จะทำการใด ๆ และเสด็จสวรรคตในอีกไม่กี่วันต่อมา บรรดาขุนนางได้อัญเชิญ พระเพทราชา ขึ้นครองราชย์โดยการปราบดาภิเษก ทรงพระนามว่า สมเด็จพระมหาบุรุษวิสุทธิเดชอุดม หรือ สมเด็จพระเพทราชา และปกครองโดยมีนโยบายต่อต้านชาวต่างชาติ ส่งผลให้เกิดการขับไล่ชาวต่างชาติแทบทั้งหมดออกจากราชอาณาจักรกรุงศรีอยุธยา การตีความกันไปต่าง ๆ นานาถึงเหตุจูงใจที่ทำให้สมเด็จพระเพทราชาสั่งจับกุมและประหารชีวิตพระยาวิชเยนทร์เป็นผลให้จุดยืนของกรีกในประวัติศาสตร์ไทยเป็นเรื่องที่ยังหาข้อสรุปมิได้ นักประวัติศาสตร์ที่เห็นด้วยกับการกระทำของพระองค์มองพระยาวิชเยนทร์ว่าเป็นชาวต่างชาติที่ฉวยโอกาสมาใช้อิทธิพลเข้าควบคุมราชอาณาจักรในนามของผลประโยชน์จากชาติตะวันตก[ต้องการอ้างอิง] แต่นักประวัติศาสตร์อีกกลุ่มหนึ่งมองว่าพระยาวิชเยนทร์เป็นแพะรับบาป เป็นช่องว่างให้สมเด็จพระเพทราชาสามารถเข้ายึดอำนาจจากองค์รัชทายาทได้โดยนำเอาความริษยาและความระแวงที่มีต่อพระยาวิชเยนทร์มาเป็นมูลเหตุสนับสนุน[ต้องการอ้างอิง]