พระยาเพ็ชร์พิไชยเกิดเมื่อวันอังคาร เดือน 5 แรม 6 ค่ำ ปีมะแม นพศก จุลศักราช 1209 ตรงกับ พ.ศ. 2390 ในปลายสมัยรัชกาลที่ 3 มีนามเดิมว่า เจิม เป็นบุตรชายของ พระยากระสาปนกิจโกศล (โหมด อมาตยกุล) กับ คุณหญิงพลอย (สกุลเดิม ไกรฤกษ์) ผู้เป็นภรรยาเอกมีพี่ชายร่วมมารดา 1 คนน้องชายและน้องสาวร่วมมารดาอีก 2 คนคือ

• พระปรีชากลการ (สำอาง อมาตยกุล)
• พระยาอภิรักษ์ราชอุทยาน (แฉล้ม อมาตยกุล)
• คุณหญิงทรามสงวน อภัยรณฤทธิ์

ด้านชีวิตครอบครัวสมรสกับ คุณหญิงถนอม อมาตยกุล มีบุตรชายที่สำคัญคือ

• พระยาปฏิภาณพิเศษ (อาเล็กซานเดอร์ อมาตยกุล)
• พระยาประชากรกิจวิจารณ์ (โอ อมาตยกุล)

พระยาเพ็ชรพิไชยถึงแก่อนิจกรรมด้วยโรคชราเมื่อวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2465 สิริอายุได้ 75 ปี[1]