ปรากฏหลักฐานว่าพระราชลัญจกรประจำรัชกาลมีใช้มาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาแล้วในเอกสารต่างประเทศ โดยมีการพิมพ์ภาพจำลองพระราชลัญจกรรูปเทวดา 4 กร ซึ่งสันนิษฐานว่าเป็นพระราชลัญจกรพระนารายณ์ทรงครุฑ ประจำพระองค์ของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ตีพิมพ์อยู่ในหนังสือ จดหมายเหตุลาลูแบร์ ซึ่งเขียนโดย ซิมง เดอ ลา ลูแบร์ แต่เนื่องจากเอกสารสมัยกรุงศรีอยุธยาส่วนใหญ่สูญหายไปกับการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 ทำให้ไม่อาจสืบทราบได้ชัดเจนว่า พระมหากษัตริย์แต่ละรัชกาลใช้ตราอะไรเป็นพระราชลัญจกรประจำรัชกาล

ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์นั้น ก่อนสมัยรัชกาลที่ 4 ปรากฏหลักฐานรอยประทับพระราชลัญจกรประจำรัชกาลเพียงพระราชลัญจกรที่เชื่อว่าเป็นพระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 2 เท่านั้น คือ พระราชลัญจกรไตรสารเศวต อย่างไรก็ตาม ก็มีการใช้สัญลักษณ์ประจำรัชกาลต่างมาตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 1 โดยปรากฏหลักฐานอยู่ในเงินพดด้วงสมัยดังกล่าวอยู่แล้ว

ธรรมเนียมการใช้พระราชลัญจกรประจำรัชกาลปรากฏหลักฐานชัดเจนขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 4 ซึ่งมีการประทับพระราชลัญจกรพระมหามงกุฎและพระราชลัญจกรพระจุฑามณี ในเอกสารส่วนพระองค์ เช่น พระราชหัตถเลขา ของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัวตามลำดับ

เมื่อมีงานรัตนโกสินทรสมโภชครบ 100 ปี ใน พ.ศ. 2425 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดสร้างพระราชลัญจกรประจำรัชกาลที่ 1 - รัชกาลที่ 3 เพื่ออุทิศถวายพระมหากษัตริย์ทั้งสามรัชกาลข้างต้น หลังจากนั้น พระมหากษัตริย์ในรัชกาลต่อๆ มาก็ทรงสร้างพระราชลัญจกรประจำรัชกาลของพระองค์ใช้มาโดยตลอดจนถึงปัจจุบัน