ภายหลังพระราชวังจันทน์ได้ร้างลงและไม่มีใครสนใจอีก จนกระทั่งปรากฏหลักฐานในจดหมายเหตุระยะทางไปพิษณุโลกของสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ เสด็จตรวจราชการเมืองพิษณุโลก ใน พ.ศ. 2444 โปรดให้ขุนศรเทพบาล สำรวจจังหวัดจัดทำผังพระราชวังจันทน์

ต่อมาพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จสังเวยเทพารักษ์ วันที่ 17 ตุลาคม พ.ศ. 2444 มีพระราชหัตถเลขาไว้ว่า มีซากพระราชวังก่อด้วยอิฐ สูงพ้นดิน 2-3 ศอกเศษ มีพระที่นั่งคล้ายพระที่นั่งจันทรพิศาล ในพระราชวังนารายณ์ราชนิเวศน์ จังหวัดลพบุรี มีกำแพงวัง 2 ชั้น มีสระสองพี่น้องอยู่นอกกำแพงวัง ภายหลังปรักหักพังเป็นป่ารกในสงครามอะแซหวุ่นกี้ตีเมืองพิษณุโลก