พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระศรีรัตนเจดีย์ขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2398 โดยจำลองแบบมาจากเจดีย์ 3 องค์ของวัดพระศรีสรรเพชญ์ ในพระราชวังโบราณ สมัยกรุงศรีอยุธยา โดยมีพระราชประสงค์เพื่อใช้เป็นเจดีย์ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุที่ทรงนำมาจากลังกา แต่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จสวรรคตก่อนที่พระศรีรัตนเจดีย์จะสร้างเสร็จ โดยเมื่อแรกสร้างเจดีย์นั้นมิได้มีการประดับกระเบื้องโมเสก

ต่อมา ในการเตรียมงานสมโภชกรุงรัตนโกสินทร์ 100 ปี พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงอดิศรอุดมเดช ทรงควบคุมงานเสริมพอก แก้รูปทรงเจดีย์ ประดับกระเบื้องโมเสกสีทองภายนอก เขียนผนังภายใน ทำบานประตู และปูพื้นหินอ่อนภายใน และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสรรพสาตรศุภกิจ ทำการประดับกระเบื้องโมเสกสีทองภายนอกทั้งหมดขององค์เจดีย์

ในการเตรียมงานสมโภชกรุงรัตนโกสินทร์ 150 ปี ในสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์ภายนอกองค์เจดีย์ ซ่อมพื้นผนังที่ปูกระเบื้อง เปลี่ยนกระเบื้องที่ชำรุดซ่อมช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์พระเจดีย์เล็กบนซุ้มประตู

ปัจจุบันได้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์พระศรีรัตนเจดีย์อีกครั้งหนึ่ง โดยเปลี่ยนกระเบื้องทองที่ประดับภายนอกบางส่วน และบูรณะส่วนที่ชำรุดเสียหาย แต่ยังคงลักษณะของศิลปะเดิมไว้[1]