พระศาสนโศภน (ภา ภาณโก) อาพาธด้วยไข้กาฬ แต่แพทย์ปัจจุบันสันนิษฐานว่าเป็นฝีดาษ แม้อาการอาพาธจะรุนแรงแต่ท่านยังดำรงสติสัมปชัญญะดีอยู่ตลอด ในวาระสุดท้ายท่านกล่าวว่า "ไปละ อยู่กันเป็นสุข ๆ เถิด"[1] แล้วลมหายใจท่านก็ค่อย ๆ แผ่วลง จนถึงแก่มรณภาพเมื่อเวลา 23:25 น. วันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2489[10] สิริอายุได้ 65 ปี 325 วัน พรรษา 47