ภายหลังจากที่พระเจ้าบุเรงนองสวรรคตเมื่อพ.ศ. 2124 พระเจ้านันทบุเรงขึ้นครองราชย์แทน ภายหลังจากที่พระมหาอุปราชามังกะยอชวาสิ้นพระชนม์ใน พ.ศ. 2135 จากการทำยุทธหัตถีกับสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ซึ่งการสิ้นพระชนม์นั้นในพงศาวดารรวมถึงคำให้การต่างๆ ทั้งของไทยและพม่าต่างก็ให้ข้อมูลต่างกันออกไปเกี่ยวกับการกล่าวถึงการสิ้นพระชนม์ของพระสุพรรณกัลยา

หลักฐานของไทย

• คำให้การชาวกรุงเก่า ระบุว่า "พระเจ้าหงสาวดีก็ทรงพระพิโรธ รับสั่งให้เอาตัวนายทัพนายกองที่ไปกับพระมหาอุปราชนั้น ใส่คาย่างไฟให้ตายสิ้น แต่เท่านั้นยังไม่คลายพระพิโรธ จึงเสด็จไปสู่ตำหนักพระสุวรรณกัลยา เอาพระแสงฟันพระนางสุวรรณกัลยากับพระราชธิดาของพระองค์สิ้นพระชนม์ทั้ง ๒ พระองค์"

• คำให้การขุนหลวงหาวัด ได้กล่าวใกล้เคียงกัน แต่ต่างที่เป็นพระราชโอรสมิใช่พระราชธิดา ความว่า "ฝ่ายพระเจ้าหงสา ทรงพระพิโรธยิ่งนัก ก็เสด็จเข้าไปในพระราชฐานเห็นองค์พระพี่นางพระนเรศวรนั้นบรรทมให้พระราชโอรสเสวยนมอยู่ในพระที่ พระเจ้าหงสาวดีจึงฟันด้วยพระแสง ก็ถูกทั้งพระมารดาและพระโอรสทั้งสองพระองค์ ก็ถึงแก่พิราลัยด้วยกันทั้งสองพระองค์ ด้วยพระเจ้าหงสาวดีทรงโกรธยิ่งนัก มิทันจะผันผ่อนได้"

หลักฐานของพม่า

ไม่ปรากฏการสิ้นพระชนม์ในหลักฐานพม่า

อย่างไรก็ตามจากหลักฐานของไทยและพม่าก็ต่างแสดงความมีตัวตนของพระสุพรรณกัลยา และประทับอยู่ในหงสาวดีตั้งแต่ในปี พ.ศ. 2112 ขณะมีพระชันษาได้ 17 ปี ดังนั้นในปี พ.ศ. 2135 ที่เกิดยุทธหัตถี พระองค์จึงน่าจะมีพระชันษา 40 ปี และหากมีพระโอรส-ธิดากับพระเจ้าบุเรงนอง พระโอรสธิดาก็ควรมีพระชันษาราว 8 ปีหรืออาจจะมากกว่านั้น ซึ่งดูจะขัดแย้งกับคำให้การขุนหลวงหาวัด ที่กล่าวถึงการ ให้พระโอรสเสวยนมอยู่ในที่..[8] ส่วนกรณีที่ถูกพระแสงดาบของพระเจ้านันทบุเรงเช่นเดียวกัน เนื่องจากหากพระเจ้าแผ่นดินจะประหารชีวิตใครก็จะบันทึกเรื่องราวไว้โดยละเอียด แต่ในเรื่องราวของพระสุพรรณกัลยากลับไม่ปรากฏไว้เลย[8] [9]

หลักฐานที่ขัดแย้งกัน

แม้การสิ้นพระชนม์ของพระสุพรรณกัลยานั้นจะเป็นที่ยอมรับกันทั่วไปว่าเกิดจากแรงโทสะของพระเจ้านันทบุเรง ตามหลักฐานประเภทคำให้การของไทย แต่มิกกี้ ฮาร์ท (Myin Hsan Heart) นักประวัติศาสตร์ชาวพม่าได้นำเสนอข้อมูลที่แตกต่างออกไป โดยกล่าวถึงเจ้าภุ้นชิ่หรือเจ้าหญิงพิษณุโลกได้ตามเสด็จพระราชมารดาออกมาประทับนอกพระราชวังกัมโพชธานี โดยเจ้าหญิงเจ้าภุ้นชิ่ได้เสกสมรสกับ เจ้าเกาลัด พระโอรสของเจ้าอสังขยา เจ้าเมืองตะลุป ซึ่งเป็นชาวไทใหญ่ ซึ่งเป็นที่ปรึกษาของพระเจ้ามังรายกะยอชวา โอรสองค์ที่สองของพระเจ้านันทบุเรง และมีพระธิดาด้วยกันคือ เจ้าหญิงจันทร์วดี ซึ่งหมายความว่า ในช่วงสงครามยุทธหัตถี พ.ศ. 2135 พระสุพรรณกัลยามิได้ประทับอยู่ในหงสาวดีแต่ทรงประทับอยู่ในอังวะ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2137 พระเจ้าตองอู พระเจ้านยองยัน และพระเจ้าเชียงใหม่ ต่างแยกตัวเป็นอิสระจากหงสาวดี พระเจ้านยองยันได้เข้าครองกรุงอังวะที่เจ้าหญิงพิษณุโลก และพระมารดาอาศัยอยู่ อีกทั้งยังเป็นผลดีแก่ทั้งสองพระองค์ด้วย เนื่องจากพระเจ้านยองยันนั้นเป็นพระโอรสองค์หนึ่งของพระเจ้าบุเรงนอง ทั้งยังมีความคุ้นเคยกับเจ้าอสังขยาบิดาของเจ้าเกาลัด จึงคาดได้ว่า ภายใต้การปกครองของพระเจ้านยองยันพระสุพรรณกัลยารวมถึงเจ้าหญิงพิษณุโลกก็ยังทรงประทับในนครอังวะอย่างปกติสุขจนกระทั่งสิ้นพระชนม์ โดยมิได้ถูกปลงพระชนม์แต่อย่างใด[10]