พระอาจารย์อาจ เกิดเมื่อวันอาทิตย์ ขึ้น 11 ค่ำ เดือนยี่ ตรงกับวันที่ 7/8 มกราคม พ.ศ. 2301 (นับแบบปัจจุบันตรงกับ พ.ศ. 2302) ในรัชสมัยสมเด็จพระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ ชีวประวัติในช่วงต้นไม่ปรากฏ ต่อมาได้อุปสมบทและในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ท่านอยู่วัดสระเกศราชวรมหาวิหารมีสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะที่พระพรหมมุนี ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยจึงได้เลื่อนเป็นพระพิมลธรรม

ต่อมาวันที่ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2359 สมเด็จพระพนรัตน (มี) ได้รับสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราช[1] ในคราวเดียวกันนี้จึงโปรดให้สถาปนาพระพิมลธรรม (อาจ) เป็นสมเด็จพระพนรัตน ปริยัติวรา วิสุทธิสังฆาปรินายก ตรีปิฎกธราจารย์ สฤทธิขัติยสารสุนทร มหาคณิศร บวรวามะคณะสังฆาราม คามวาสี อรัญวาสี[2]

ถึงเดือน 12 มีผู้ฟ้องร้องว่าพระพุทธโฆษาจารย์ (บุญศรี) วัดมหาธาตุ พระญาณสมโพธิ (เค็ม) วัดนาคกลาง และพระมงคลเทพมุนี (จีน) วัดหน้าพระเมรุ ต้องอาบัติปาราชิกมานานแล้ว เนื่องจากเสพเมถุนจนมีบุตรหลายคน เมื่อไต่สวนพบว่าเป็นจริงก็โปรดให้นำทั้ง 3 คนไปจำคุก แล้วโปรดให้สมเด็จพระสังฆราช (มี) และสมเด็จพระพนรัตน (อาจ) แต่งหนังสือโอวาทานุสาสนี เกี่ยวกับข้อวัตรปฏิบัติอันสมควรแก่สมณะเพื่อคัดแจกจ่ายไปตามพระอารามต่าง ๆ[3]

หลังจากสมเด็จพระสังฆราช (มี) สิ้นพระชนม์และรับพระราชทานเพลิงพระศพเมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2362 มีพระประสงค์จะสถาปนาสมเด็จพระพนรัตน (อาจ) เป็นสมเด็จพระสังฆราช จึงโปรดให้แห่มาสถิต ณ วัดมหาธาตุ ในเดือน 4 ในปีถัดมาเกิดอหิวาตกโรคระบาดหนักจนทำให้การสถาปนาต้องเลื่อนออกไป จนถึงเดือน 11 มีผู้ฟ้องร้องว่าท่านชอบหยอกเอินศิษย์หนุ่มด้วยกิริยาไม่เหมาะสม ท่านรับสารภาพแต่ยืนยันว่าไม่ถึงปาราชิก จึงรับสั่งให้ถอดจากสมณศักดิ์แล้วเนรเทศออกจากพระอารามหลวง[4] ท่านจึงไปอยู่วัดไทรทอง (ปัจจุบันคือวัดเบญจมบพิตรดุสิตวนารามราชวรวิหาร) จนกระทั่งมรณภาพในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว[2]