ในสมัยกรุงศรีอยุธยา "พระอุบาฬี" เป็นสมณศักดิ์พระราชาคณะฝ่ายอรัญวาสี อยู่วัดกุฏิ์ ถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงเห็นว่านามพ้องกับพระอรหันตสาวก จึงเปลี่ยนราชทินนามเป็น "พระวินัยรักขิต" ต่อมาพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงเปลี่ยนนามอีกเป็น "พระอุบาฬีคุณูปมาจารย์" พระราชทานสำหรับพระราชาคณะเจ้าคณะอรัญวาสี (เสมอชั้นธรรมพิเศษ) โดยเลื่อนพระธรรมเจดีย์ (ปาน) เจ้าอาวาสวัดพระเชตุพนฯ ขึ้นรับราชทินนามนี้เป็นรูปแรก[1]

ถึงปี พ.ศ. 2482 พระธรรมปิฎก (เผื่อน ติสฺสทตฺโต) ได้เลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระอุบาลีคุณูปมาจารย์ เจ้าคณะรองฝ่ายอรัญวาสี ชั้นหิรัญบัฏ เป็นรูปแรก