พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ มีนามเดิมว่าจันทร์ เกิดเมื่อวันศุกร์ที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2399 (นับแบบปัจจุบันตรงกับ พ.ศ. 2400) ตรงกับวันแรม 10 ค่ำ เดือน 4 ปีมะโรง เป็นบุตรคนโตของหลวงสุโภร์ประการ (สอน) กรมการจังหวัดอุบลราชธานี[1] กับนางแก้ว เมื่ออายุย่าง 13 ปี ได้บรรพชาเป็นสามเณรในเดือนยี่ ปีมะโรง พ.ศ. 2411 (นับแบบปัจจุบันตรงกับ พ.ศ. 2412) ณวัดบ้านหนองไหล เจ้าอธิการโสดาเป็นพระอุปัชฌาย์ ถึงเดือน 4 จึงย้ายไปอยู่วัดศรีทอง (ปัจจุบันคือวัดศรีอุบลรัตนาราม) เพื่อศึกษากับพระอาจารย์ม้าว เทวธมฺมี จนอายุย่าง 19 ปี ก็จำเป็นต้องลาสิกขาเพื่อตามไปไถ่ตัวบิดาที่ถูกเกณฑ์ไปปราบทัพฮ่อ

ท่านได้อยู่ช่วยงานมารดาบิดาอยู่ 3 ปี พระอาจารย์ม้าวก็ให้คนมาตามไปบวชอีกครั้ง ท่านยินยอม จึงได้อุปสมบทเมื่อวันศุกร์ที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2420 ตรงกับวันขึ้น 8 ค่ำ เดือน 6 ปีฉลู พระอาจารย์ม้าวเป็นพระอุปัชฌาย์ เจ้าอธิการสีโห วัดไชยมงคล เป็นพระกรรมวาจาจารย์ บวชแล้วจำพรรษาที่วัดไชยมงคลเพื่อช่วยงานของพระกรรมวาจาจารย์ เฉพาะเวลาเรียนมูลกัจจายน์จึงเดินมาเรียนที่วัดศรีทอง เรียนได้ 2 ปี พระอาจารย์ม้าวอาพาธหนักจนไม่สามารถสอนได้ จึงให้ท่านไปศึกษาต่อที่กรุงเทพมหานคร

เมื่อถึงกรุงเทพฯ พระอาจารย์อ่อนซึ่งเป็นศิษย์พี่ได้นำท่านไปฝากศึกษาพระปริยัติธรรมกับพระปลัดผา วัดเทพศิรินทราวาส เมื่อพระอริยมุนี (เอม อายุวฑฺฒโน) เจ้าอาวาสวัดเทพศิรินทร์ มรณภาพ พระปลัดผาได้พาท่านไปฝากตัวศิษย์ของพระมหาอ่อน อหึสโก วัดบุปผาราม จนสอบได้เปรียญธรรม 3 ประโยค ขณะบวชได้ 9 พรรษา ท่านตั้งใจว่าตั้งแต่พรรษา 10 เป็นต้นไปจะมุ่งด้านวิปัสสนาธุระแทน ในพรรษาที่ 10 นั้น ท่านจึงกลับไปอยู่วัดศรีทองเพื่อปรนนิบัติและฝึกปฏิบัติธรรมกับพระอาจาร์ม้าวต่อ

พ.ศ. 2431 พระยามหาอำมาตยาธิบดี (หรุ่น ศรีเพ็ญ) และเจ้ายุติธรรมธร (คำสุก ณ จำปาศักดิ์) ร่วมกันสร้างวัดมหามาตยารามขึ้นที่นครจำปาศักดิ์ขึ้นถวายคณะสงฆ์ธรรมยุต พระอาจารย์ม้าวจึงมอบหมายให้ท่านไปเป็นเจ้าอาวาส และได้รับพระราชทานสัญญาบัตรเป็นที่ พระครูวิจิตรธรรมภาณี เจ้าคณะใหญ่เมืองนครจำปาศักดิ์ เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2433 แล้วกลับไปปกครองคณะสงฆ์เมืองจำปาศักดิ์

เกิดวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 (พ.ศ. 2436) ทำให้สยามเสียดินแดนลาวแก่สาธารณรัฐฝรั่งเศสที่ 3 ท่านพ้นจากตำแหน่งเจ้าคณะเมืองจำปาศักดิ์ จึงย้ายมาอยู่วัดวัดสุปัฏนารามวรวิหาร ต่อมาท่านได้นำคณะศิษย์มาศึกษาพระปริยัติธรรมที่วัดพิชยญาติการามวรวิหาร อยู่ได้ 1 พรรษา สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทรงมอบหมายให้ไปอยู่วัดเทพศิรินทร์เพื่อช่วยงานหม่อมเจ้าพระศรีสุคตคัตยานุวัตร และมีรับสั่งให้ท่านเข้าสอบอีกครั้งในปี พ.ศ. 2437 สอบได้เปรียญธรรม 4 ประโยค[2] แล้วได้รับพระบรมราชานุญาตให้ออกไปจัดการศึกษาภาษาไทยและอักษรไทยที่เมืองอุบลราชธานี

วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2452 ได้รับพระราชทานอาราธนาบัตร์สถาปนาเป็นเจ้าคณะมณฑลราชบุรี[3]

พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ อาพาธด้วยโรคชรา ถึงแก่มรณภาพเมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม พ.ศ. 2475 สิริอายุได้ 700175000000000000075 ปี 7002121000000000000121 วัน ได้รับพระราชทานไตรแพรครอง 1 ไตร โกศโถและชั้นรอง 2 ชั้น ฉัตรเบญจาตั้ง 4 คันประกอบศพเป็นเกียรติยศ[4] ได้รับพระราชทานเพลิงศพเมื่อวันที่ 30 ตุลาคม ศกนั้น ณ วัดบรมนิวาส[5]