พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ เดิมชื่อ ปัญญา ทิพย์มณฑา เป็นบุตรของนายไป๋และนางแช่ม ทิพย์มณฑา อาชีพกสิกรรม เกิดเมื่อวันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2465 ที่อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม ได้บรรพชาเป็นสามเณรเมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ. 2477 ขณะมีอายุได้ 12 ปี ณ วัดกลางบางแก้ว อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม พระครูปัจฉิมทิศบริหาร (เกิด) วัดงิ้วลาย ตำบลงิ้วลาย อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม เป็นพระอุปัชฌาย์ ต่อมาเมื่ออายุได้ 20 ปี จึงได้อุปสมบทเป็นพระภิกษุที่วัดเดิม เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2485 โดยมีพระพุทธวิถีนายก (เพิ่ม ปุญฺญวสโน) เป็นพระอุปัชฌาย์ และได้รับฉายาว่า "อินทฺปญฺโญ"

พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ ดำรงตำแหน่งในทางปกครองคณะสงฆ์ อาทิ เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม และที่ปรึกษาเจ้าคณะภาค 14 เป็นต้น สำหรับสมณศักดิ์ชั้นสุดท้ายเป็นที่พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ พระราชาคณะเจ้าคณะรอง ชั้นหิรัญบัฏ เมื่อ พ.ศ. 2539 ตลอดชีวิตของท่าน ได้ทุ่มเทเวลาให้กับการพัฒนาด้านบริการชุมชนและสาธารณสุข โดยเฉพาะการสร้างโรงพยาบาลเมตตาประชารักษ์ (วัดไร่ขิง) ซึ่งมีชื่อเสียงในด้านการรักษาดวงตา

พระอุบาลีคุณูปมาจารย์ (ปัญญา อินทปญฺโญ) มีโรดประจำตัวคือโรคเบาหวาน โรคหัวใจ และความดันโลหิตสูง และป่วยเรื้อรังมานานนับสิบปี ท่านได้เข้ารักษาตัวครั้งสุดท้ายที่โรงพยาบาลธนบุรี เขตบางกอกน้อย กรุงเทพมหานคร เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 และมรณภาพเมื่อกลางดึกวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 ด้วยอาการสงบจากอาการติดเชื้อที่ปอดและกระแสโลหิต สิริรวมอายุได้ 85 ปี 4 เดือน 5 วัน พรรษา 65 พรรษา พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานน้ำสรงศพและพระราชทานโกศแปดเหลี่ยม ตามสมณศักดิ์