พระอุบาฬีมรณภาพด้วยโรคหูอักเสบ ภายในกุฏิวัดบุปผาราม (มัลวัตตวิหาร) เมื่อปี พ.ศ. 2299 พระเจ้าแผ่นดินศรีลังกาให้จัดพิธีถวายเพลิงศพอย่างยิ่งใหญ่สมเกียรติ โดยจัดขึ้นที่สุสานหลวงนามว่าอาดาหะนะมะลุวะ ปัจจุบันคือวัดอัศคิริยะเคดิเควิหาร เมืองกัณฏี ซึ่งปัจจุบันได้ก่ออิฐล้อมสถานที่เผาศพท่านไว้ หลังเสร็จสิ้นพิธีถวายเพลิงศพแล้ว ทรงรับสั่งให้สร้างเจดีย์บนยอดเขาใกล้วัดอัสคีริยะบรรจุอัฏฐิเพื่อสักการบูชาซึ่งมีปรากฏอยู่จนถึงปัจจุบัน กุฏิท่านพระอุบาลีและห้องพักของท่านได้รับการอนุรักษ์ไว้เป็นอย่างดีแม้จะเป็นเพียงห้องเล็ก ๆ มีเพียงเตียงเก่าๆและโต๊ะเก้าอี้อีกหนึ่งชุดเท่านั้น[3] บริขารและสิ่งของที่ท่านเคยใช้สอยที่ยังเหลืออยู่ ชาวศรีลังกาก็ถือว่าเป็นสิ่งที่ควรเคารพเช่นกันและได้เก็บรักษาไว้จนทุกวันนี้