ปี พ.ศ. 2359 สมเด็จพระสังฆราช (ศุข) สิ้นพระชนม์ลง ครั้งนั้นว่ากันว่าสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (บุญศรี) วัดมหาธาตุอาจจะได้เป็นสมเด็จพระสังฆราช แต่ก็ได้เกิดอธิกรณ์ซึ่งนับว่าเป็นครั้งสำคัญและครั้งแรกขึ้นในรัชกาลที่ 2 เพราะมีพระเถระผู้ใหญ่ที่เป็นกำลังของคณะสงฆ์ต้องอธิกรณ์เมถุนปาราชิกพร้อมกันถึง 3 รูป ดังมีบันทึกไว้ในพระราชพงศาวดารว่า

"ในเดือน ๑๒ ป็ชวดอัฐศก (พ.ศ. ๒๓๕๙) นั้น มีโจทก์ฟ้องว่า พระพุทธโฆษาจารย์ (บุญศรี) วัดมหาธาตุ รูป ๑ พระญาณสมโพธิ (เค็ม) วัดนาคกลางรูป ๑ พระมงคลเทพมุนี (จีน) วัดหน้าพระเมรุกรุงเก่ารูป ๑ ทั้ง ๓ รูปนี้ประพฤติผิดพระวินัยบัญญัติข้อสำคัญ ต้องเมถุนปาราชิกมาช้านาน จนถึงมีบุตรหลายคน โปรดให้พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นรักษ์รณเรศ กับพระเจ้าลูกยาเธอ กรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ ทรงพิจารณาได้ความเป็นสัตย์สมดังฟ้อง จึงมีรับสั่งเอาตัวผู้ผิดไปจำไว้ ณ คุก"

พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นศรีสุเรนทร์ เป็นศิษย์เอกในสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ กริ้วในการกระทำอันเกินกว่าเหตุของเจ้านายสองพระองค์มาก (ว่ากันว่าอาจะเป็นการกลั่นแกล้งเพื่อไม่ให้สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์เป็นสมเด็จพระสังฆราช) จึงทรงเขียนบัตรสนเท่ห์ ดังนี้

ไกรสรพระเสด็จได้ สึกชี

กรมหมื่นเจษฎาบดี เร่งไม้
พิเรนทรแม่นอเวจี ไป่คลาด
อาจพลิกแผ่นดินได้ แม่นแม้น เมืองทมิฬ

พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย โปรดให้ค้นหาตัวผู้ทิ้งหนังสือ จนได้องค์พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นศรีสุเรนทร์ ในพระราชพงศาวดารรัชกาลที่ 2 เขียนเรื่องนี้ไว้ว่า

"ครั้งนั้นกรมหมื่นศรีสุเรนทร์ ซึ่งเป็นศิษย์นายสี พุทธโฆษาจารย์ไม่เห็นด้วย ก็ทิ้งหนังสือเป็นคำโคลงหยาบช้าต่อตระลาการกระทบกระทั่งถึงพระเจ้าแผ่นดินด้วย จึงโปรดให้กรมพระราชวังบวรสถานมงคลพิจารณาหนังสือทิ้ง กรมพระราชวังได้ประชุมพระราชวงศานุวงศ์ กับนักปราชญ์ที่รู้กาพย์ กลอนโคลง พิจารณาก็ลงเนื้อเห็นว่าเป็นสำนวนฝีโอษฐ์กรมหมื่นศรีสุเรนทร์แน่แล้ว จึงรับสั่งให้หากรมหมื่นศรีสุเรนทร์มาซักถามก็ไม่รับ จึงให้ลงพระราชอาญาเฆี่ยนถามจึงได้รับเป็นสัตย์ กรมหมื่นศรีสุเรนทร์ทนอาชญาไม่ได้ ก็สิ้นชีพในทิม แล้วมิได้บาดหมายให้ถอดชื่อเหมือนอย่างหม่อมเหมน ข้าราชการเพ็ดทูลลางคนก็ออกพระนามว่า พระองค์เจ้าคันธรศบ้าง ออกพระนามว่ากรมหมื่นศรีสุเรนทร์บ้าง"

พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นศรีสุเรนทร์ สิ้นพระชนม์ขณะรับพระอาญาเฆี่ยน เมื่อวันอังคาร เดือนยี่ ขึ้น 13 ค่ำ ปีชวด อัฐศก จุลศักราช 1178 ตรงกับวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2359 สิริพระชันษา 28 ปี