ในระหว่างช่วงทุกข์ยากของสงครามโลกครั้งที่ 2 พระองค์ถูกเพ่งเล็งในเรื่องของการใช้ชีวิตฟุ่มเฟือย พระองค์ได้พิพากษาคดีที่พระราชวังในเมืองอเล็กซานเดรียของพระองค์ถูกเผา ในขณะที่พลเมืองกำลังอยู่อย่างสิ้นหวัง เนื่องจากอิตาลีและเยอรมันได้ทิ้งระเบิดทำลาย แต่พระเจ้าฟารูกคิดว่าเป็นการกระทำของคนกลุ่มอื่น ในขณะนั้นอังกฤษได้เริ่มกลับมายึดครองดินแดนอียิปต์อีกครั้ง ชาวอียิปต์จำนวนมากพร้อมด้วยพระเจ้าฟารูก ซึ่งได้พยายามโน้มน้าวเยอรมันและอิตาลีให้ทำการช่วยเหลือ อย่างไรก็ตามชาวอังกฤษที่พำนักในอียิปต์ก็วางตัวเป็นกลาง จนกระทั่งสิ้นสุดยุคสงครามโลกครั้งที่ 2 พระเจ้าฟารูกเป็นผู้ที่มีความเห็นใจเข้าข้างฝ่ายอักษะ ได้กล่าวต้นรับอดอล์ฟ ฮิตเลอร์ ผู้นำพรรคนาซี ทั้งที่อยากจะมาบุกรุกอียิปต์ แต่พระเจ้าฟารูกได้เปิดเผยตัวเป็นฝ่ายอักษะภายใต้การกดดันอย่างหนักของอังกฤษเป็นเวลานาน ใน ค.ศ. 1945 หลังจากการต่อสู้ในทะเลทรายได้สิ้นสุดลง