เมื่อครั้งที่ยังอยู่ในพระครรภ์ พระนางเวเทหิของพระเจ้าพิมพิสาร พระนางประชวรพระครรภ์ อยากเสวยพระโลหิตของพระสวามี ด้วยความรักพระมเหสีและบุตรในครรภ์ พระองค์จึงรองพระโลหิตของพระองค์ไปให้พระมเหสีเสวย ทางด้านโหราจารย์ทำนายว่าราชกุมารในครรภ์จะเป็นทำปิตุฆาต (ฆ่าพ่อ) พระนางเวเทหิจึงพยายามทำแท้งหลายครั้งแต่ไม่สำเร็จ พระเจ้าพิมพิสารเมื่อทรงทราบก็ทรงห้าม พอประสูติมีพระนามว่า “อชาตศัตรู” (แปลว่า ผู้ที่ไม่เป็นศัตรู)

ในวัยเยาว์ ทรงเลี้ยงดูพระโอรสเป็นอย่างดี และทรงสถาปนาเป็นรัชทายาท เมื่อเข้าวัยรุ่นทรงมีสติปัญญาเฉียบแหลม แต่ก็ได้รู้จักกับพระเทวทัตที่กำลังจะแสวงหาผู้ที่จะมาช่วยตนปลงพระชนม์ พระโคตมพุทธเจ้า ซึ่งต้องการได้รับความสนับสนุนจากผู้มีอำนาจทางบ้านเมือง และด้วยที่พระเจ้าอชาตศัตรูขาดประสบการณ์ สามารถชักจูงได้ง่าย ทำให้พระเจ้าอชาตศัตรูเกิดความศรัทธาในพระเทวทัต ถูกเสี้ยมสอนว่า ชีวิตคนเรานั้นไม่เที่ยงไม่แน่ว่าจะได้ครองราชย์สมบัติ จึงควรปลงพระชนม์พระเจ้าพิมพิสารเสีย แล้วขึ้นครองราชย์แทน ส่วนพระเทวทัตจะปลงพระชนม์พระศาสดาและทำหน้าที่ปกครองสงฆ์

พระเจ้าอชาตศัตรูก็หลงเชื่อ พระองค์ก็ได้นำพระกริชมาแนบกับพระชงฆ์ (แข้งขา) และห่มผ้าบดบังไว้ แล้วไปเข้าเฝ้าพระราชบิดาที่ตำหนักเพื่อลอบปลงพระชนม์ แต่องครักษ์ก็ได้เห็นสังเกตความผิดปกติที่ขาของราชกุมารจึงขอตรวจค้นพระองค์ แต่อชาตศัตรูราชกุมารก็เกิดความร้อนพระทัย จึงหันหลังกลับออกจากตำหนัก องค์รักษ์จึงสั่งให้ทหารจับกุมและทำการตรวจค้นพระองค์จนพระกริชที่ซ่อนไว้ที่พระชงฆ์ จึงแน่ใจว่าอชาตศัตรูราชกุมารกำลังจะลอบปลงพระชนม์พระเจ้าพิมพิสาร จึงได้นำตัวพระราชกุมารไปให้เหล่าเสนาอำมาตย์ตัดสินลงโทษ เหล่าเสนาอำมาตย์ก็ได้ไต่สวนกับพระราชกุมารจนพระองค์ยอมรับและตรัสว่าถูกพระเทวทัตยุยง ทำให้เหล่าเสนาอำมาตย์เกิดแตกแยกเป็น 3 พวก 3 ความเห็น พวกเสนาอำมาตย์แรกมีความเห็นว่าให้ควรประหารพระเทวทัต พระราชกุมาร และพร้อมด้วยภิกษุสาวกของพระเทวทัตเสีย พวกเสนาอำมาตย์ที่สองมีความเห็นว่าให้ควรประหารพระเทวทัตและพระราชกุมารเท่านั้น ส่วนพวกเสนาอำมาตย์ที่สามซึ่งนำโดยวัสสการพราหมณ์อำมาตย์มีความเห็นว่าไม่ประควรประหารพระเทวทัต พระราชกุมาร และพร้อมด้วยภิกษุสาวกของพระเทวทัตใด ๆ และออกความเห็นว่าให้นำพระราชกุมารไปให้พระเจ้าพิมพิสารทรงตัดสิน

เมื่อพระเจ้าพิมพิสารทรงทราบและสดับความเห็นของเหล่าเสนาอำมาตย์ทั้งสามพวก พระเจ้าพิมพิสารก็ได้ตรัสบอกว่าพระพุทธเจ้าได้ให้สงฆ์ทำปกาสนียกรรมว่า การกระทำของพระเทวทัตไม่ว่าจะเป็นทางกาย วาจา ใจ มิได้เกี่ยวข้องพระพุทธ พระธรรม และพระสงฆ์ เป็นการกระทำของพระเทวทัตแต่เพียงผู้เดียวมิใช่รึ พระเจ้าพิมพิสารทรงได้ปลดตำแหน่งแก่พวกเสนาอำมาตย์พวกแรก ลดตำแหน่งแก่พวกเสนาอำมาตย์ที่สอง และให้เลื่อนตำแหน่งแก่วัสกาพราหมณ์อำมาตย์และพวกเสนาอำมาตย์ที่สาม หลังจากนั้นพระเจ้าพิมพิสารทรงตรัสถามพระราชโอรสว่าทำอย่างนี้ทำไม พระราชโอรสได้ตรัสตอบว่าต้องการราชสมบัติ พระเจ้าพิมพิสารทรงตัดสินพระทัยสละราชสมบัติมอบให้แก่อชาตศัตรูราชกุมาร เมื่ออชาตศัตรูราชกุมารได้ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าอชาตศัตรูแล้ว แต่พระเทวทัตก็ยังยุยงพระเจ้าอชาตศัตรูอีกว่าแม้พระเจ้าพิมพิสารจะทรงสละราชสมบัติมอบให้แก่พระองค์ พระเจ้าพิมพิสารอาจจะมาแย่งชิงตำแหน่งคืนก็เป็นไปได้ ทำให้พระองค์หลงเชื่อจึงมีรับสั่งให้จับพระเจ้าพิมพิสารไปจองจำขังในคุกและทรมานโดยวิธีการต่าง ๆ จนพระบิดาสิ้นพระชนม์ แต่หลังพระบิดาสิ้นพระชนม์ก็สำนึกได้ว่าได้ทำกรรมอันหนักยิ่ง จึงทรงบำเพ็ญกุศลต่าง ๆ เพื่อลบล้างความผิดให้เจือจางลงไปบ้าง และทรงปฏิญาณตนเป็นอุบาสกบริษัท ตั้งมั่นในคำสอนของพระพุทธองค์

ทรงปกครองการเมืองโดยตั้งอยู่ในทศพิธราชธรรมและราชสังควัตถุ ทำให้ประชาราษฎร์อยู่อย่างเป็นสุข และยังมีแสนยานุภาพเป็นที่เกรงขามของแคว้นอื่น แต่ก็ไม่สามารถอุปสมบท หรือบรรลุธรรมขั้นสูง เพราะการกระทำหนักคือปิตุฆาต พระองค์ทำนุบำรุงศาสนาพุทธด้วยดีโดยตลอด