ต้นศตวรรษที่ 13 เป็นช่วงเวลาแห่งการขยายอำนาจของมองโกล ในค.ศ. 1225 วอเคอไตข่าน (Ögedei Khan) ส่งทูตมาเรียกร้องบรรณาการจากโครยอ แต่ทูตมองโกลถูกลอบสังหารอย่างปริศนา[1] วอเคอไตข่านจึงแก้แค้นเกาหลีโดยการส่งแม่ทัพซาร์ไต (Sartai) ยกทัพมองโกลมาบุกเกาหลีในค.ศ. 1231 รุกข้ามแม่น้ำยาลูมาอย่างรวดเร็วชเวอูระดมพลเกาหลีไปป้องกันได้ที่เมืองคูซอง (구성, 龜城) แต่ทัพมองโกลนั้นมีความรวดเร็วสามารถยึดเมืองแคซองได้ในค.ศ. 1232 ด้วยความช่วยเหลือของฮงบกวอน (홍복원, 洪福源) ขุนนางเกาหลีที่ไปเข้ากับมองโกล ราชสำนักเกาหลีต้องยอมเสียเงินทองผ้าไหม รวมทั้งม้าและทาสให้กับมองโกลเป็นค่าชดเชย และวอเคอไตข่านยังให้ผู้ตรวจการ (darugachi) จำนวน 72 คนอยู่ควบคุมสถานการณ์ในโครยอ

แต่ชเวอูก็ได้สั่งให้นำผู้ตรวจการทั้ง 72 คนไปสังหารเสีย แล้วย้ายราชสำนักไปที่เกาะคังฮวา สร้างป้อมปราการแข็งแรงล้อมรอบ ซึ่งแผนการย้ายราชสำนักนี้เป็นที่ต่อต้านของพระเจ้าโคจงและขุนนางฝ่ายพลเรือนทั้งหลาย ที่เห็นว่าไม่ควรจะไปสู้รบกับมองโกลเพื่อป้องกันความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นแก่โครยอ ราชสำนักที่เกาะคังฮวานั้นเป็นวังของชเวอูมากกว่าที่จะเป็นพระราชวังของพระเจ้าโคจง[2] ออเกอเดย์ข่านเห็นว่าการย้ายเมืองหลวงของเกาหลีเป็นการเตรียมรบกับมองโกล จึงส่งทัพมาบุกอีกนำโดยฮงบกวอน ขุนนางเกาหลีที่ไปเข้าพวกมองโกล ปรากฏว่าแม่ทัพซาร์ไตถูกลอบสังหารโดยพระภิกษุชื่อว่าคิมยุนฮู

ทัพมองโกลยังคงอยู่ในเกาหลีต่อมา ในค.ศ. 1236 พระเจ้าโคจงมีพระราชโองการให้จัดพิมพ์พระไตรปิฏกภาษาเกาหลี (팔만대장경, 八萬大藏經, Tripitaka Koreana) เก็บไว้ที่วัดแฮอิน (해인사, 海印寺) ขึ้นมาเพื่อทดแทนของเดิมที่ถูกมองโกลทำลายและทรงเชื่อว่าการทำเช่นนี้จะทำให้ได้บุญและโครยอจะรอดพ้นจากการรุกรานของมองโกล เมื่อวอเคอไตข่านเสียชีวิตในค.ศ. 1241 การรุกรานของมองโกลจึงหยุดไป

ในค.ศ. 1251 มองเกอข่าน (Mongke Khan) ข่านคนใหม่ของมองโกล ได้เรียกร้องให้พระเจ้าโคจงย้ายกลับมาประทับที่เมืองแคซอง มองเกอข่านส่งจาแลร์ไต (Jalairtai) ยกทัพมองโกลเข้ามาบุกโครยออีกครั้ง จนพระเจ้าโคจงต้องทรงยอมจำนน ย้ายกลับมาประทับที่แคซอง แต่ชเวฮัง (최항, 崔沆) บุตรชายของชเวอูและผู้นำทหารต่อจากบิดายังคงอยู่ที่เกาะคังฮวา มองเกข่านเห็นว่าเกาหลียังไม่นอบน้อมเพราะผู้นำเผด็จการทหารจึงต้องการนำตัวชเวฮังมาลงโทษ จาแลร์ไตบุกเกาหลีอีกครั้งในค.ศ. 1254 ซึ่งเป็นครั้งที่รุนแรงที่สุดมีความเสียหายมากที่สุด[3] ทัพมองโกลสังหารชาวเกาหลีไปจำนวนมากเป็นพันคนรวมทั้งเผาทำลายบ้านเมืองและวัตถุมีค่า เกาหลีกลายเป็นแดนมิคสัญญีขณะที่ราชสำนักใช้ชีวิตอย่างหรูหราหลบซ่อนอยู่ที่เกาะคังฮวา

ในที่สุด ค.ศ. 1258 พระเจ้าโคจงร่วมกันวางแผนกับคิมอินจุน (김인준, 金仁俊) และขุนนางฝ่ายพลเรือนทั้งหลาย ใช้ให้ยูคยอง (유경, 柳璥) ทำการลอบสังหารชเวอี (최의, 崔竩) ผู้นำเผด็จการทหารบุตรชายของชเวฮังไปเสีย และพระเจ้าโคจงก็ทรงยอมจำนนต่อมองโกล โดยโครยอตกเป็นเมืองขึ้นของมองโกลและต้องส่งองค์ชายโครยอทั้งหลายไปอยู่กับมองโกลที่เมืองคาราโครุม (Karakorum) และต้องอภิเษกกับเจ้าหญิงมองโกล รวมทั้งผนวกมณฑลซังซอง (쌍성, 雙城) ให้อาณาจักรมองโกลปกครองโดยตรง ในค.ศ. 1259 พระเจ้าโคจงก็ทรงส่งพระโอรสองค์ชายรัชทายาทวังจอน (왕전, 王倎 ภายหลังเป็น พระเจ้าวอนจง) ไปเป็นองค์ประกันกับพวกมองโกล แต่พระเจ้าโคจงก็สวรรคตในปีเดียวกัน องค์ชายวังจอนจึงขึ้นครองราชย์ต่อเป็นพระเจ้าวอนจง

พระเจ้าโคจงในภายหลังได้รับพระนาม พระเจ้าชุงฮอน (충헌왕, 忠憲王) จากจักรรพรรดิหยวนซื่อจูกุบไลข่าน แต่ก็ยังมีพระนามที่พระสุสานอยู่