พระเอกกษัตรีเป็นเจ้านายกัมพูชา เป็นพระราชธิดาของพระบรมราชาที่ 7 (เอกสารไทยเรียกพระศรีสุพรรณมาธิราช)[1][2] กับพระชาติกษัตรี มีพระอนุชาและพระภคินีคือ พระวิสุทธกษัตรี, พระไชยเชษฐา และพระอุทัยราชา[3]

ในปี พ.ศ. 2137 สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงยกทัพไปตีกรุงละแวกได้สำเร็จ พระบรมราชาที่ 4 หรือนักพระสัตถาและครอบครัวลงเรือพระที่นั่งหนีไปเมืองเชียงแตงของอาณาจักรล้านช้าง[3] ขณะที่พระศรีสุพรรณมาธิราชพระอนุชาของนักพระสัตถา เข้าสวามิภักดิ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช สมเด็จพระนเรศวรมหาราชจึงทรงพระกรุณาพาครอบครัวของพระศรีสุพรรณมาธิราชกลับกรุงศรีอยุธยาด้วย แล้วให้ตั้งบ้านนอกกำแพงเมือง[3] ครั้นปีถัดมาสมเด็จพระนเรศวรมหาราชจึงแต่งตั้งให้พระเอกกษัตรีพระธิดาของพระศรีสุพรรณมาธิราชเป็นพระมเหสี[3][4]

พระเอกกษัตรีได้ให้ประสูติกาลพระราชบุตร หรือสิ้นพระชนม์เมื่อใด ไม่เป็นที่ปรากฏ

พระนามของพระเอกกษัตรีถูกตั้งเป็นชื่อสระน้ำแห่งหนึ่งในมหาวิทยาลัยนเรศวร[4]