ตามตำนานกล่าวว่าพระแก้วโกเมนอุบัติขึ้นพร้อมกับพระแก้วบุษราคัมซึ่งประดิษฐานอยู่ที่วัดศรีอุบลรัตนราม เป็นพระพุทธรูปอัญมณีในตระกูลแก้วนพเก้า คือ เพชร มณีแดง มรกต บุษราคัม โกเมน นิลกาฬ มุกดา เพทาย และไพฑูรย์

เมื่อสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น ไทยมีสงครามกับเวียงจันทน์ ผู้รักษาการบ้านเมืองและทายก-ทายิกา ได้พากันนำพระแก้วโกเมนไปรักษาไว้อย่างดีที่วัดบ้านกุดละงุม อำเภอวารินชำราบปัจจุบัน และคณะผู้รักษาพระแก้วโกเมน ได้นำท่อนไม้จันทร์มาทำเป็นผอบใหญ่ คว่ำองค์พระพุทธรูปไว้ ด้วยเกรงว่าข้าศึกจะแย่งชิงไป การที่นำผอบไม้จันทน์ไปคว่ำ(หรือครอบ)พระแก้วไว้นั้น ภาษาอีสานเรียกว่า “งุม” วัดซึ่งเป็นที่เก็บรักษาพระแก้วโกเมนครั้งนั้น จึงเรียกว่า “ วัดกุดละงุม ” มาจนปัจจุบัน

ครั้งเมื่อศึกสงบลงจึงได้นำพระแก้วโกเมนมาประดิษฐานไว้ ณ วัดมณีวนาราม(วัดป่าน้อย) ซึ่งเจ้าอาวาสและคณะกรรมการวัดเก็บรักษาไว้เป็นความลับสืบต่อกันมา ทั้งนี้เนื่องด้วยพระแก้วโกเมนเป็นพระพุทธรูปที่มีค่าหาได้ยากยิ่งเกรงจะสูญหาย จึงหวงแหนด้วยความห่วงใย พระเดชพระคุณเจ้าอาวาสวัดมณีวนารามที่ผ่านมาทุกรูป จึงเก็บรักษาพระแก้วโกเมนไว้ในตู้นิรภัยตลอดมา

ครั้งเมื่อสิ้นสมัยหลวงปู่พระธรรมเสนานี (กิ่ง มหับผโล) คณะกรรมการวัดจึงขออนุญาตนำพระแก้วโกเมนลงมาประดิษฐานให้พุทธศาสนิกชนได้กราบไหว้บูชา และสรงน้ำในเทศกาลวันวิสาขบูชา เพื่อเป็นสิริมงคลแก่ตนและครอบครัว และได้ถือปฏิบัติสืบต่อกันมาจนถึงปัจจุบัน