ผู้คัดค้านแนวทางพร่องแป้งอ้างว่า การรับประทานอาหารที่เน้นเนื้อสัตว์และไขมัน อาจทำให้ระบบเผาผลาญของร่างกายเปลี่ยนไปสู่ภาวะ ketosis ซึ่งมีผลข้างเคียงคือ การปวดหัว อาการคลื่นเหียนวิงเวียน อ่อนเพลีย ภาวะขาดน้ำ และกลิ่นปาก นอกจากนั้น หากไม่มีการบริโภคพวกผักและผลไม้ด้วย ก็อาจเกิดการท้องผูก

นอกจากนั้น การบริโภคไขมันอิ่มตัวมากอาจเพิ่มความเสี่ยงของโรคหัวใจ