ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2505 รัฐบาลได้จับกุมผู้นำส่วนใหญ่ของกรมประชาชนซึ่งเป็นพรรคฝ่ายซ้ายก่อนการเลือกตั้ง ในเดือนมิถุนายน หนังสือพิมพ์และสื่ออื่น ๆ ถูกปิด ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2505 ตู สามุตซึ่งเป็นเลขาธิการทั่วไปของพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาถูกจับกุมและถูกสังหารในที่สุด ซอร์จึงได้ขึ้นเป็นผู้นำ ใน พ.ศ. 2506 พรรคได้จัดการประชุมและเลือกซอร์ขึ้นเป็นเลขาธิการพรรค ในเดือนมีนาคม ซอร์ได้ไปซ่อนตัวหลังจากชื่อของเขาปรากฏในบัญชีดำของพระนโรดม สีหนุ เขาหนีไปยังแนวชายแดนเวียดนามและร่วมกับหน่วยของชาวเวียดนามต่อสู้กับเวียดนามใต้ ต้นปี พ.ศ. 2507 ซอร์ติดต่อกับเวียดนามให้ช่วยเหลือนักสังคมนิยมชาวกัมพูชาให้ตั้งค่ายตามแนวชายแดน ที่ค่ายนี้เอง แนวคิดของเขมรแดงได้พัฒนาขึ้นมา พรรคได้ทำลายแนวคิดแบบลัทธิมาร์ก ประกาศให้ชาวนาเป็นชนชั้นกรรมาชีพที่แท้จริงและเป็นเลือดแห่งการปฏิวัติ คณะกรรมการของพรรคได้สร้างสังคมแบบฟิวดัลขึ้นมา

หลังจากการกดดันของเจ้าสีหนุใน พ.ศ. 2508 กองกำลังเขมรแดงของซอร์เติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว ครูและนักเรียนที่นิยมฝ่ายซ้ายเดินทางไปยังชนบทเพื่อร่วมขบวนการในเดือนเมษายน พ.ศ. 2508 ซอร์เดินทางไปยังเวียดนามเหนือเพื่อขอความช่วยเหลือและสนับสนุนในการต่อต้านรัฐบาลกัมพูชา เวียดนามเหนือปฏิเสธการสนับสนุนเพราะกำลังเจรจากับรัฐบาลกัมพูชา พระนโรดม สีหนุสัญญาว่าจะยอมให้ชาวเวียดนามใช้แผ่นดินและท่าเรือของกัมพูชาในสงครามต่อต้านเวียดนามใต้ หลังจากกลับสู่กัมพูชาใน พ.ศ. 2509 ซอร์ได้ประชุมพรรคอย่างลับ ๆ เปลี่ยนชื่อพรรคเป็นพรรคคอมมิวนิสต์กัมปูเจีย และเตรียมพื้นที่สำหรับการลุกฮือต้นปี พ.ศ. 2509 การต่อสู้เกิดขึ้นในชนบทระหว่างผู้ใช้แรงงานและรัฐบาลเกี่ยวกับราคาข้าว การที่รัฐบาลปฏิเสธการเจรจาอย่างสันติทำให้โอกาสเป็นของฝ่ายสังคมนิยม ต้นปี พ.ศ. 2510 ซอร์ตัดสินใจให้มีการลุกขึ้นสู้ระดับชาติ แม้ว่าเวียดนามเหนือปฏิเสธการให้ความช่วยเหลือ การลุกขึ้นสู้เกิดขึ้นเมื่อ 18 มกราคม พ.ศ. 2511 ทางใต้ของพระตะบอง