พันธุศาสตร์คลาสสิกคือชุดของความรู้ทางพันธุศาสตร์ที่ถูกพัฒนาขึ้นก่อนจะมีการพัฒนาพันธุศาสตร์ยุคใหม่อย่างอณูพันธุศาสตร์ การค้นพบที่สำคัญของพันธุศาสตร์คลาสสิกที่เกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตซึ่งเป็นยูคาริโอตคือความเชื่อมโยงของพันธุกรรม ซึ่งเป็นผลที่ได้จากการสังเกตพบว่ายีนบางยีนไม่มีการแยกส่วนอย่างอิสระในขั้นตอนไมโอซิส ซึ่งเป็นการขัดกับกฎของทายกรรมเมนเดเลียน นำไปสู่การพัฒนาความรู้ในการหาทางสร้างแผนที่ที่ระบุตำแหน่งบนโครโมโซม แผนที่ความเชื่อมโยงนี้ยังใช้อยู่จนถึงปัจจุบัน โดยเฉพาะในการพัฒนาพันธุ์พืช