พาร์เธนอนยังคงเป็นวิหารมากว่าพันปีนับจากเสร็จสิ้นการก่อสร้าง ซึ่งถือว่ามีอายุเก่าแก่มาก หลังจากนั้นพาร์เธนอนจึงกลายเป็นโบสถ์คริสต์

ในปี ค.ศ. 1456 เอเธนส์ตกเป็นของจักรวรรดิออตโตมัน พาร์เธนอนจึงถูกเปลี่ยนเป็นสุเหร่า

ในระหว่างนี้ มีการครอบครองอาณาจักรกันมากมาย วิหารพาร์เธนอนแห่งนี้จึงเปลี่ยนเป็นสถานที่ทางศาสนาและวัฒนธรรมต่างๆ ของอาณาจักรที่เป็นใหญ่ในขณะนั้น และมีการบูรณะรักษาสถานที่แห่งนี้อยู่หลายครั้ง

ภายหลังจากนั้นในปี ค.ศ. 2004 มีการบูรณะวิหารพาร์เธนอนครั้งใหญ่เนื่องจากประเทศกรีซได้รับเลือกให้จัดการแข่งขันโอลิมปิกซึ่งแน่นอนว่าจะมีพิธีเปิดที่วิหารพาร์เธนอน