ประวัติของพิซซาเริ่มต้นขึ้นในปี ค.ศ. 79 เมื่อภูเขาไฟวิสุเวียสระเบิดขึ้นและทลายเมืองปอมเปอีทั้งเมือง หลังจากนั้นประมาณ ค.ศ. 640 แกตาโน ฟิโอเรลลี่ ได้ค้นพบเตาฟืนโบราณจำนวนมากมายในซากปรักหักพังของเมือง ที่ถูกลาวาถล่ม หนึ่งในจำนวนเตาทั้งหมดนั้นพบว่ามีเถ้าถ่านขนมปังติดอยู่ในเตาอยู่ถึง 7 กิโลกรัม ซึ่งเป็นหลักฐานที่น่าเชื่อถือว่าทหารโรมันในช่วงเวลาดังกล่าว (ก่อนเมืองปอมเปอีจะถูกถล่มด้วยลาวาและเถ้าภูเขาไฟ) ต่างกินขนมปังที่อบด้วยเตาฟืนโบราณนี้ ซึ่งสันนิษฐาน ได้ว่าชาวเมือง ในเมืองนาโปลีก็ทานขนมปังที่อบในเตาฟืนโบราณเช่นนี้มาประมาณ 700 ปีแล้ว ต่อมาในต้น ค.ศ. 1700 ชาวเมืองนาโปลีจึงได้เริ่มประยุกต์ใส่มะเขือเทศกับสมุนไพรบางอย่างลงในขนมปังแล้วนำไปอบในเตาฟืนโบราณ นี่เองคือจุดเริ่มต้นของมารีนาราพิซซา และร้านพิซเซอเรียร้านแรกในนาโปลี ได้เปิดขายในปี ค.ศ. 1830

โดยร้านดังกล่าวใช้วิธีการอบพิซซาในเตาที่ทำจากหินภูเขาไฟ อีกประมาณร้อยปีต่อมา (นับจาก ค.ศ. 1700) และชีสเริ่มเข้ามามีอิทธิพลในอาหาร แต่ชีสดังกล่าวไม่ใช่ชีสปกติธรรมดาทั่วไป เป็นชีสที่ทำจากน้ำนมควายพื้นเมืองที่ชื่อ ฟิออเร่ ดี บัฟฟาล่า ประมาณปี ค.ศ. 1850 จึงเกิดพิซซามาเกอริต้าขึ้นโดย ราฟาเอล เอสโปสิโต แห่งเมืองเนเปิล ซึ่งได้ทำพิซซาถวายเมื่อคราวที่สมเด็จพระราชาธิบดีอุมแบร์โตที่ 1 และสมเด็จพระราชินีมาเกอริต้าได้เสด็จเยือนเมืองเนเปิล โดยใช้สีบนหน้าพิซซาแทนสัญลักษณ์ของธงชาติอิตาลี โดยใช้ใบเบซิลแทนสีเขียวใช้มอสซาเรลล่าชีสแทนสีขาวและมะเขือเทศแทนสีแดง และตั้งชื่อพิซซาเพื่อเป็นเกียรติแด่พระราชินีว่า มาเกอริต้า ซึ่งพระนางก็ได้ทรงพระอนุญาตให้ใช้ชื่อพระนางเป็นชื่อของพิซซาเมื่อปี ค.ศ. 1889 ซึ่งพิซซาดังกล่าวได้กลายเป็นมาตรฐาน ของพิซซาในปัจจุบัน ซึ่งพิซซาในปัจุบันโดยทั่วไปต่างก็ดัดแปลงหน้ามาจากพิซซา 2 ชนิดนี้ ซึ่งเป็นพิซซาดั้งเดิมของชาวนาโปลี คือมารีนาราพิซซาและมาเกอริต้าพิซซา