ในสมัยก่อนเคยเป็นคฤหาสน์ของผู้ช่วยเจ้าเมืองสงขลา พระยาสุนทรานุรักษ์ (เนตร ณ สงขลา) ผู้ช่วยราชการเมืองสงขลาเมื่อปี พ.ศ. 2421 จนกระทั่งเมื่อปี พ.ศ. 2437 ใช้เป็นที่พำนักและว่าราชการของพระยาวิจิตรวรศาสตร์ ข้าหลวงพิเศษสงขลา ซึ่งต่อมาก็คือ เจ้าพระยายมราช และต่อมาใช้เป็นศาลาว่าการมณฑลนครศรีธรรมราช ต่อมาสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิราลงกรณ์ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติ สงขลา และเมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2525 พิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติสงขลาเปิด วันพุธ ถึง วันอาทิตย์ และจะปิดวัน วันจันทร์ วันอังคาร และวันหยุดทางราชการ เป็นต้น