คฤหาสน์กูเด็นมีรูปแบบสถาปัตยกรรมโคโลเนียลสร้างเมื่อ พ.ศ. 2441 แล้วเสร็จใน พ.ศ. 2459[4] เป็นของพระยาภูมินารถภักดี (ตนกูบาฮารุดดิน บินกูแมะ) ต้นสกุลบินตำมะหงง ซึ่งเป็นเจ้าเมืองสตูลในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เดิมถูกสร้างขึ้นเพื่อเป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเมื่อคราวเสด็จประพาสปักษ์ใต้แต่มิได้ประทับแรม คฤหาสน์หลังนี้จึงตกเป็นของพระยาภูมินารถภักดีและทายาท[1][4] แต่ช่วงสงครามโลกครั้งที่สองเป็นต้นมาคฤหาสน์หลังดังกล่าวได้แปรสภาพเป็นสถานที่ราชการหลายประเภท เช่น เป็นกองบัญชาการทหารญี่ปุ่น เป็นสำนักงานเทศบาลสตูล เป็นศาลากลางจังหวัดสตูล และเป็นโรงเรียนเทศบาล 1 เป็นต้น[1][2]

กระทั่งกรมศิลปากรประกาศให้คฤหาสน์กูเด็นเป็นโบราณสถานแห่งชาติเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2532 และได้พัฒนาคฤหาสน์กูเด็นเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ สตูล ให้ประชาชนเข้าศึกษาประวัติศาสตร์และศิลปวัฒนธรรมของจังหวัดสตูล โดยสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จพระราชดำเนินเปิดเมื่อวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2543[1][2]