พิพิธภัณฑ์แห่งแรกในศิริราช ก่อตั้งโดย แอลเลอร์ เอลลิส นักพยาธิวิทยาชาวอเมริกันและเป็นพยาธิแพทย์คนแรกของไทย ที่ริเริ่มการเก็บรวบรวมอวัยวะผู้ป่วยที่ผ่านการตรวจพิสูจน์โรคแล้วไว้สำหรับสอนในวิชาพยาธิวิทยา[7][6][8] พิพิธภัณฑ์นี้จัดแสดงตัวอย่างอวัยวะและโรคที่คร่างชีวิตคนเป็นอันดับต้น ๆ ในประเทศ เช่น ตัวอย่างความผิดปกติแต่กำเนิด โรคหัวใจ โรคมะเร็งชนิดต่าง ๆ[8]