ปัจจุบัน พิพิธภัณฑ์อ้างว่ามีวัตถุในสะสมทั้งหมดมากกว่า 20,000 ชิ้น แต่มีเพียงราว 13% เท่านั้นที่นำจัดแสดงถาวร นอกจากนี้ยังมีงานสะสมจำพวกวรรณกรรมและคู่มือทางการแพทย์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของวิทยาลัยแพทย์ฟิลาเดลเฟีย

กระดูกและโครงกระดูก

พิพิธภัณฑ์มีชิ้นส่วนทางกระดูกราว 3,000 ชิ้น ในจำนวนนี้รวมถึงโครงกระดูกมนุษย์จำนวนหนึ่งด้วย ในบรรดากระดูกมนุษย์ที่จัดแสดงมีชิ้นที่มีเชื่อเสียงคือโครงกระดูกของแฮร์รี เรย์มันด์ อีสต์แล็ก และแครอล ออร์เซิล ผู้ป่วยด้วยโรค FOP, โครงกระดูกมนุษย์ยักษ์อเมริกันที่มูเตอร์ (The Mütter American Giant) โครงกระดูกมนุษย์ที่ตัวสูงที่สุดที่จัดแสดงในอเมริกาเหนือ ด้วยความสูง 228.6 เซนติเมตร และชุดงานสะสมกะโหลกศีรษะมนุษย์ของเฮียร์เทิล (The Hyrtl Skull Collection) ซึ่งประกอบด้วยกะโหลกศีรษะมนุษย์รวม 139 ชิ้น ของสะสมโดยโยเซ็ฟ เฮียร์เทิล นักกายวิภาคศาสตร์ชาวออสเตรีย

ตัวอย่างเปียก

พิพิธภัณฑ์มีของสะสมเป็นตัวอย่างเปียก (wet specimen) ราว 1,500 ชิ้น ซึ่งสะสมมาตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 19 ตัวอย่างชิ้นสำคัญ เช่น ความผิดปกติของร่างกาย, ถุงน้ำ, เนื้องอก จากแทบทุกอวัยวะของร่างกาย

ของสะสมชิ้นอื่น ๆ

ของสะสมที่มีชื่อเสียงชิ้นอื่น ๆ ของพิพิธภัณฑ์ได้แก่:

• เนื้องอกร้ายแรงซึ่งผ่าตัดออกมาจากเพดานปากของโกรเวอร์ คลีฟแลนด์ อดีตประธานาธิบดีสหรัฐ
• ตับที่เชื่อมติดกันและงานหล่อท่อนบนศพของอินและจัน บังเคอร์ แฝดสยาม
• เนื้อเยื่อจากชิ้นส่วนส่วนอกของจอห์น วิลกส์ บูธ ฆาตกรผู้ลอบสังหารอับราฮัม ลินคอล์น อดีตประธานาธิบดีสหรัฐ
• ชิ้นส่วนสมองของชาลส์ เจ. กิโต ฆาตกรผู้ลอบสังหารเจมส์ เอ. การ์ฟีลด์ อดีตประธานาธิบดีสหรัฐ
• สมองของอัลเบิร์ต ไอนสไตน์ ที่ซึ่งเป็นพิพิธภัณฑ์ไม่กี่แห่งที่มีชิ้นส่วนนี้จัดแสดงถาวร