ตั้งแต่มีการขอ License ก็ได้มีความขัดแย้งในเรื่องของอุดมการณ์ระหว่าง General Public License (GPL) กับ BSD License จุดมุ่งหมายทั่วไปจากการประเมินงานของค่าย BSD เกี่ยวกับ PC-BSD ต้นฉบับได้มี code ที่อยู่ภายใต้ License ของ GPL ขณะที่ Open Source BSD ที่สืบทอด License ส่วนมาก ไม่ได้รวมอยู่ภายใต้ BSD License GPL ต้นฉบับถูกใช้เพราะ PC-BSD project ใช้ QT toolkit จากการพัฒนาส่วนติดต่อ และผู้พัฒนาอยู่ภายใต้ ความติดใจที่จะใช้ application นั้น QT toolkit จะต้อง License ภายใต้ GPL หรือ QPL อย่างไรก็ตาม นี่คือสิ่งที่ไม่ถูกต้อง และ PC-BSD project หลังจากที่ License ใหม่อีกครั้ง code นี้ก็อยู่ภายใต้ BSD License